模拟结束后对复合物进行rmsd的疑问

王肖索 · 发表于 Post on 2025-7-30 11:53:38

老师们好，我现在完成了500ns复合物的模拟（复合物有蛋白和配体）因为rmsd波动有点大，所以我试了团簇处理，把蛋白和配体分为一组进行rmsd分析，结果是比没分组波动小，但是现在我想rmsd分析一下蛋白某条链和整体蛋白的结果，如果前面是蛋白和配体分一组进行rmsd分析，那么分析某条链和整体蛋白rmsd分析，我要用splitch 分链，然后把某条链和整体蛋白分为一组进行rmsd分析吗？不太懂这些知识刚接触，先谢谢老师解答了

jamesl · 发表于 Post on 2025-7-31 12:59:47

是的，使用splitch把链分开，然后把你要考察的链和配体合并成一个新的组再计算rmsd

王肖索 · 发表于 Post on 2025-7-31 14:53:04

jamesl 发表于 2025-7-31 12:59
是的，使用splitch把链分开，然后把你要考察的链和配体合并成一个新的组再计算rmsd

好的，谢谢解答

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[GROMACS] 模拟结束后对复合物进行rmsd的疑问

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