Gromacs 200个相同分子聚集模拟报错

lts！ · 发表于 Post on 2025-7-27 19:35:43

本帖最后由 lts！于 2025-7-27 19:50 编辑

我在模拟两百个有机共轭小分子L8BO在初始15*15*15nm盒子中的聚集情况，L8BO分子首先通过gaussian（b3lyp/6-31g(d)）进行了几何优化和频率分析，得到的fchk文件通过Multiwfn得到RESP，进一步通过sobtop生成了top、gro和itp文件，选择GAFF力场，成键参数由sobtop通过fchk文件修正。之后通过packmol随机生成了初始结构，将top文件中的number改成了200。采用gromacs 2020.6版，在模拟的过程中，发现能量最小化基本上最低只能收敛到500-600（可是文献中可以收敛到100），在后续的NPT模拟中，采用了constraints=h-bonds，并且将高能量的四个C-N键在itp文件中进行了【constraints】的约束，采用lincs约束算法，但是模拟的得到结果总是会出现真空区（图一），我尝试了300K和650K，改变压力弛豫时间，尝试了不同的耦合方法，也尝试跑过30ns，但是问题依然存在，且发现盒子大小基本上不变，然后我还尝试了2023版的gromacs，相同的输入文件，却在计算过程中由于lincs警告太多而报错（主要是C-H键键长异常）见第二张图，然后我将lincs改成shake之后，在运行md时却出现了第三张图的报错

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图1 NPT模拟不崩溃运算会出现真空区

图2 采用2023版gromacs直接报错

图3 采用shake算法后报错

图4 单个L8BO分子几何结构

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-28 01:23:07

你这个体系直接让sobtop用GAFF参数就完了，根本不应该用mSeminario。仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11
其它方面参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的排查和解决

lts！ · 发表于 Post on 2025-7-28 10:44:59

好的好的，我再试一下，谢谢老师！

lts！ · 发表于 Post on 2025-7-29 16:26:32

sobereva 发表于 2025-7-28 01:23
你这个体系直接让sobtop用GAFF参数就完了，根本不应该用mSeminario。仔细看http://sobereva.com/soft/Sobto ...

老师，我参考了您的建议，在生成itp和top文件时，只用DFT计算结果赋予了中心的稠环核心部分的力常数，我想的是中心稠环是刚性共轭平面，而其他诸如端基基团和烷基链采用了GAFF原本的参数，然后能量最小化能收敛到100以下，NPT任务也很难报错了，老师，这样的处理方式合理吗？

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-29 20:57:21

lts！发表于 2025-7-29 16:26
老师，我参考了您的建议，在生成itp和top文件时，只用DFT计算结果赋予了中心的稠环核心部分的力常数，我 ...

可以

lts！ · 发表于 Post on 2025-7-29 22:26:24

本帖最后由 lts！于 2025-7-30 13:10 编辑

sobereva 发表于 2025-7-29 20:57
可以

谢谢老师！我还想问一下，我在文献里看到有对核心稠环和端基之间连接的那个二面角做了参数优化，想问一下这样做有必要吗，会不会极大增大了DFT的计算量，但是MD模拟精度并不会提高多少C:\Users\28749\Desktop\微信图片_20250729215058.png

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