做铜板能量极小化时出现报错

ejath · 发表于 Post on 2025-7-26 22:27:21

报错提示如下：Internal error (bug):
Step 0: The total potential energy is nan, which is not finite. The LJ and
electrostatic contributions to the energy are -265.204 and 0, respectively. A
non-finite potential energy can be caused by overlapping interactions in
bonded interactions or very large or Nan coordinate values. Usually this is
caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration, incorrect
interactions or parameters in the topology.

ejath · 发表于 Post on 2025-7-26 22:29:37

图2和图3使用sobtop工具生成的itp文件，选择的是UFF

ejath · 发表于 Post on 2025-7-26 22:30:17

想知道是否是因为拓扑文件中angles的参数不对

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-28 01:16:49

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

UFF根本不适合描述铜单质。适合铜单质的参数看
在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程（含视频）
http://sobereva.com/153

顺带一提，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里专门有一节“金属的模拟”，对这些方面讲得超级详细。

ejath · 发表于 Post on 2025-7-30 17:02:05

sobereva 发表于 2025-7-28 01:16
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这 ...

谢谢老师分享，我还有个问题，在后续gromacs中模拟计算，是否需要定义铜原子间的键连，还是说通过非键相互作用（如 Lennard-Jones 势）就可以描述？

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-31 13:20:47

ejath 发表于 2025-7-30 17:02
谢谢老师分享，我还有个问题，在后续gromacs中模拟计算，是否需要定义铜原子间的键连，还是说通过非键相 ...

靠LJ势就能描述相互作用，不需要bond项

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[GROMACS] 做铜板能量极小化时出现报错