PBC box设定为截顶八面体，为什么生成的是平行六面体？

霜晨月 · 发表于 Post on 2017-4-2 21:08:06

用gmx editconf -bt octahedron 命令生成一个截顶八面体的PBC box随后用gmx solvate 加水，再用VMD打开，发现PBC box是个平行六面体，也就是三斜晶（triclinic），水盒子也是个平行六面体，而且PBC box和水盒子竟然还不重合

请教大家这是怎么回事？是不是我做错了？还是正常就这样？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-3 01:44:21

gmx在MD计算时候能正常用截顶八面体考虑周期边界条件，但是储存结构/轨迹的时候还是按照三斜PBC来储存的，VMD也绘制不出来截顶八面体盒子
如果你想让看到的周期性和模拟过程中用的周期性吻合，建议用矩形盒子。

霜晨月 · 发表于 Post on 2017-4-3 08:56:55

sobereva 发表于 2017-4-3 01:44
gmx在MD计算时候能正常用截顶八面体考虑周期边界条件，但是储存结构/轨迹的时候还是按照三斜PBC来储存的，V ...

谢谢Sob老师，原来如此。
我原来用矩形盒子，但蛋白发生了旋转，导致头尾相碰。用立方体盒子又太浪费。

但我已经用了消除旋转的设置：
comm-grps = Protein
comm-mode = angular
为什么还会旋转呢？（30ns内在YZ平面内旋转了约90度）

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-3 14:24:00

霜晨月发表于 2017-4-3 08:56
谢谢Sob老师，原来如此。
我原来用矩形盒子，但蛋白发生了旋转，导致头尾相碰。用立方体盒子又太浪费。
...

看看消整体运动的频率是否也合理
按说应该能起到效果

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