计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 312|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 石墨吸附FSI分子的吸附能过大问题

[复制链接 Copy URL]

175

帖子

0

威望

957

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

老师好,我在利用cp2k做石墨吸附FSI分子,但是最后吸附能过大,想各位老师帮我看看哪里有问题;我用的是Diagonalization+smearing,基组用的TZVP-MOLOPT-SR-GTH,下面是几个分子的输入文件和输出文件,图片中是对应的能量

202505141941316399..png (4.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202505141941316399..png

FSI.inp

4.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

FSI.out

165.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

Gr.inp

9.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

Gr.out

53.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

Gr-FSI.inp

10.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

Gr-FSI.out

481.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-5-14 20:00:15 | 只看该作者 Only view this author
盒子那么小,自相互作用老厉害了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

957

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-14 20:22:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-14 20:00
盒子那么小,自相互作用老厉害了

哦哦,谢谢老师,那X轴和y轴大概大可以忽略自相互作用啊

175

帖子

0

威望

957

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-15 06:11:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xjw 于 2025-5-15 13:05 编辑
sobereva 发表于 2025-5-14 20:00
盒子那么小,自相互作用老厉害了

老师,我把盒子都扩大成20*20*20左右,但是算出来的吸附能还是正值(如图),这个是还有什么问题嘛,附件中是新的输入和输出文件

202505151305082436..png (4.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

202505151305082436..png

FSI

323.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

FSI.inp

4.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

Gr

78.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

Gr.inp

13.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

Gr-FSI

782.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

Gr-FSI.inp

14.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2025-5-16 04:18:26 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2025-5-15 06:11
老师,我把盒子都扩大成20*20*20左右,但是算出来的吸附能还是正值(如图),这个是还有什么问题嘛,附件 ...

CP2K算带电物质吸附应当用XY二维周期性,并且记得所有被计算的物质都统一用这个
更多信息参考Phys. Chem. Chem. Phys., 2018, 20, 8456--8459
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

957

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-16 15:38:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-16 04:18
CP2K算带电物质吸附应当用XY二维周期性,并且记得所有被计算的物质都统一用这个
更多信息参考Phys. Chem ...

老师,那个单个分子的能量也用XYZ嘛?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2025-5-17 04:33:55 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2025-5-16 15:38
老师,那个单个分子的能量也用XYZ嘛?

我都说了用XY二维周期性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

957

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-17 09:29:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-17 04:33
我都说了用XY二维周期性

好的,谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 06:07 , Processed in 0.173057 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list