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[CP2K] 在cp2k中如何理解QMMM盒子

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sob老师以及各位老师好,本人初学cp2k,对于在qmmm定义盒子大小有点难以理解,比如我在进行qmmm计算时会定义两个盒子,一个是整个体系的盒子,另外一个是qm部分的盒子,而且在计算中通常会要求把qm部分居中在qm盒子里,此时就会造成体系平移,那么在MM部分的原子就会移出到整个体系盒子的外面,请教一下这会产生什么影响嘛,比如我下面画的示意图



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发表于 Post on 2025-5-7 21:56:46 | 只看该作者 Only view this author
MM在盒子外面没有任何关系,本来就用了PBC。另外,QM的盒子的原点也不是和MM的盒子一致的,CP2K的周期性QM/MM的细节见J. Chem. Theory Comput., 2, 1370-1378 (2006)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 21:59:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-7 21:56
MM在盒子外面没有任何关系,本来就用了PBC

谢谢sob老师

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