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[GROMACS] gromacs模拟蛋白在搅拌下unfolded选用哪个模块好

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大家好,我最近在做蛋白质在搅拌下unfolded的模拟,根据文献描述他们对蛋白施加了一个剪切力进行模拟

之前在网上搜索我使用pull模块进行复刻采用constant-force和direction参数做出了一个整个蛋白被拉直并且蛋白两条链分开的模拟结果,和文献相差较大


所以我认为可能是参数选错了,目前搜索到的关于剪切的参数有
1.pull模块,(是否该换成伞形采样或者改变冻结的残基位置)
2.cos_acceleration
3.deform
想问下大家该选择哪个或者这些都不对,还有另外的算法
附上mdp文件设置想让大家帮忙看看哪里有问题


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发表于 Post on 2025-5-1 13:14:45 | 只看该作者 Only view this author
还可以考虑通过enforced rotation表现j搅拌
deform可以尝试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-1 15:08:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-1 13:14
还可以考虑通过enforced rotation表现j搅拌
deform可以尝试

sob老师强制旋转的参数是这样设置的吗

还是这种


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发表于 Post on 2025-5-1 15:41:54 | 只看该作者 Only view this author
TL131242 发表于 2025-5-1 15:08
sob老师强制旋转的参数是这样设置的吗

还是这种

手册里enforced rotation
不要贴AI产生的二手信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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