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[综合交流] 求助:请问packmol如何让分子平移复制呢

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楼主
我想用packmol 构建一个多层二维COF纳米片的结构,我构建了单独一层COF的力场,现在我用packmol建模想构建三片COF片互相平行排列的模型,请问各位老师应该如何构建呢?

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公社社长

2#
发表于 Post on 2025-4-17 16:45:34 | 只看该作者 Only view this author
如果有盒子信息,简单的平移复制用gmx genconf最容易
非要用packmol,你得自定义中心的位置、对旋转设置约束
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发表于 Post on 2025-4-18 10:39:01 | 只看该作者 Only view this author
gromacs中也有平移,-translate x y z

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发表于 Post on 2025-4-18 12:22:50 | 只看该作者 Only view this author
就分别设置三个单层,center  fix,就相当于平移复制了

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