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[GROMACS] 运行mpirun gmx_mpi出错

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cpu:Intel(R) Xeon(R) Platinum 8352S CPU @ 2.20GHz
gpu:NVIDIA GeForce RTX 3090
gmx_mpi版本为2023.5,配置了mpi、gpu、avx2_256、float
对蛋白质1z0q 1z0q_noH.pdb (23.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) 溶剂化添加离子后 topol.top (162.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) ,能量最小化仅设置integrator=steep, 其余默认
单点运行mpirun -np 4 gmx_mpi mdrun -deffnm em
结果显示无变化,如下图

并且疑似这种冻结导致使用sbatch时进程报错,报错如下图

进程显示如下

输出文件em.trr为空,em.edr仅1KB, 无em.gro文件,em.log部分显示 em.log (21.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


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发表于 Post on 2025-4-17 15:38:30 | 只看该作者 Only view this author
没事甭用MPI版
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-17 15:42:59 | 只看该作者 Only view this author

老师,请问slurm运行gmx也不用mpi版吗

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发表于 Post on 2025-4-17 15:50:53 | 只看该作者 Only view this author
杨淋锋 发表于 2025-4-17 15:42
老师,请问slurm运行gmx也不用mpi版吗

只要是单机运行,就没有任何理由用MPI版
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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