求助：关于在rtp中建立聚合物的键角和二面角参数的问题

MGRACE

各位老师好，想咨询下在amber力场建立聚合物残基的问题。在利用sobtop生成包含封端和重复单元的聚合物rtp文件后，参考网上教程是把生成的各项参数放在力场的aminoacids.rtp中，但由于我的聚合物封端和重复单元原子较多，要把重复单元的[angles]和[dihedrals]从完整聚合物的rtp中剥离出来很繁琐。所以有几个问题想要咨询各位老师：
1：amber力场aminoacids.rtp没有定义[angles]和[dihedrals]，是因为gmx会根据rtp中定义的键连关系匹配ffbonded.itp中相应的参数生成这两项参数吗？
2：如果上面想法没错的话，应该是可以将聚合物rtp的[angles]和[dihedrals]直接放进ffbonded.itp吧？另外sobtop的bond_param.dat中写道“;Note that in GROMACS the potential is (1/2)*k*(a-a0)^2, so the k given below is half of that used in GROMACS;To convert to k in GROMACS convention, the k in this section should be multiplied by 4.184*2”，意思是说sobtop生成的聚合物rtp参数中的k需要乘以4.184*2后才能放进gromacs中吗？

sobereva

1 是
2 ffbonded.itp里定义的是诸如[ angletypes ]，和[ moleculetypes]或rtp里的[ angles ]完全是两码事

MGRACE

sobereva 发表于 2025-4-17 15:44
1 是
2 ffbonded.itp里定义的是诸如[ angletypes ]，和[ moleculetypes]或rtp里的[ angles ]完全是两码事

老师，我仔细想了下，我的聚合物分子侧链多，GV生成的原子顺序总是乱的，确实不适合用pdb2gmx生成拓扑。还想请教下我第二条后面说的sobtop关于bond_param.dat中这段话的理解有错吗？还是说生成后可以拿到gmx中直接用

sobereva

MGRACE 发表于 2025-4-17 22:23
老师，我仔细想了下，我的聚合物分子侧链多，GV生成的原子顺序总是乱的，确实不适合用pdb2gmx生成拓扑。 ...

sobtop直接给你的rtp文件里的参数自然就能直接用于GROMACS，本来rtp就是gromacs定义的文件，当然里面的参数会符合gromacs的习俗