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各位老师,我是用pcff力场与reacter算法联用做聚合物交联。从MS导出car,再用msi2lmp转为pcff力场的data文件。苯环中的C-C键识别为cp-cp键,但LAMMPS报错cp-cp是无效键,除此之外其他体系也是在识别bonds的时候就报错了,但是我尝试运行了example的范例,结果是正常的。猜测是因为转换工具的错误映射。
因此尝试用moltemplate,先把pcff.frc复制到force field文件夹,通过ltemplify.py -name pre pre.in pre.data > pre.lt 得到LT文件,然后通过moltemplate.sh -pdb pre.pdb system.lt 运得到data,请问这是对的吗?但是PCFF 力场没有直接内置在 moltemplate 的 force_fields文件夹中。于是从 MSI2LMP获取 PCFF 参数文件,pcff.frc,pcff.rlb和pcff_templates.dat放入force_fields文件夹。通过ltemplify.py -name pre pre.in pre.data > pre.lt 得到LT文件,然后通过 moltemplate.sh -pdb pre.pdb system.lt 运得到data,但是原子类型定义并没有发生变化。
之后在 moltemplate.sh命令中通过-ff指定 moltemplate.sh -pdb pre.pdb -ff./pcff.frc system.lt 运得到data。但是运行报错命令无效。请问这是什么原因呢?除此之外,force field文件夹内力场文件为lt格式,请问各位大佬可有下载LT力场文件的资源,或者编写方法呢?
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