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[GROMACS] npt跑hof体系,框架散了,不知道啥原因

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本帖最后由 cpa 于 2025-4-19 10:53 编辑

我在hof框架接枝了磺酸根,跑完10ns nvt没散架,但是跑了30ns npt 发现稳定框架消失了,我尝试增大弛豫时间tau_p和、减小压缩系数、改了pcoupl 发现没啥用,求助大佬帮忙看看。

1feec4d4dece808cf4018acf1a6e1f7.png (358.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

跑完nvt结构

跑完nvt结构

8d24dd255ad87bd4c16c57a8f40dcf7.png (383.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

跑完npt结构

跑完npt结构

npt.mdp

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topol.top

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tip4p.itp

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hof_so3.itp

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发表于 Post on 2025-4-17 16:29:51 | 只看该作者 Only view this author
这种事一律是拓扑文件的问题,光发个mdp毫无意义。反复对拓扑关系、力场参数、原子电荷进行检查和调试。
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-4-17 21:43:02 | 只看该作者 Only view this author
显然力场参数有问题,没有设置周期性的成键关系。

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