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楼主 Author: XIANGCAI
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[VMD] volmap计算溶质分子周围溶剂分子的SDF异常求助

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发表于 Post on 2025-5-11 23:33:26 | 只看该作者 Only view this author
XIANGCAI 发表于 2025-5-11 21:28
老师,我想问下能不能把得到的SDF结果molecule保存下来,下次直接导入VMD中

“SDF结果molecule保存下来”语义不明。如果你是指保存成格点数据文件,volmap可以导出成dx格式,之后可以载入VMD,也可以用Multiwfn转成cube之类其它格式
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发表于 Post on 2025-5-12 16:20:59 | 只看该作者 Only view this author
XIANGCAI 发表于 2025-4-15 12:56
哦哦,确实是因为没选对

您好 可以请教下selection应该怎么写嘛,我的体系100个A分子,900个 B 分子,编号从第1号A分子开始,1-100,B分子从101 - 1000. 想要计算编号为50 的A分子周围B分子的分布,请教下该咋写

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-13 16:50:13 | 只看该作者 Only view this author
raku 发表于 2025-5-12 16:20
您好 可以请教下selection应该怎么写嘛,我的体系100个A分子,900个 B 分子,编号从第1号A分子开始,1-10 ...

按照你这个的话,应该是在盒子中心只放一个分子A,B分子按比例来。命令应该是not index +A分子的编号

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发表于 Post on 2025-5-14 13:32:04 | 只看该作者 Only view this author
XIANGCAI 发表于 2025-5-13 16:50
按照你这个的话,应该是在盒子中心只放一个分子A,B分子按比例来。命令应该是not index +A分子的编号

好的好的,我试试,谢谢啦

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