(已解决)top文件和gro文件原子数目不匹配，多了20个原子

horno · 发表于 Post on 2025-4-11 10:20:33

本帖最后由 horno 于 2025-4-11 10:32 编辑

用sobtop生成了一个.top文件，能量最小化之后报错：number of coordinates in coordinate file (TA-CNT-box.gro, 968) does not match topology (TA.top, 988)。根据分子数目来算应该就是968个，不知道为什么top文件会多20个，求各位大佬解答

TA-CNT-box.gro (42.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

TA-CNT.top (409 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

CNT.gro (6.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

CNT.itp (167.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

TA.gro (3.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

TA.itp (44.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

pal · 发表于 Post on 2025-4-11 10:28:54

TA：69个原子，CNT：160个原子，top里面：TA12个，CNT1个，总原子数：160+69*12=988，gro文件里的CNT少了20个原子

horno · 发表于 Post on 2025-4-11 10:31:18

pal 发表于 2025-4-11 10:28
TA：69个原子，CNT：160个原子，top里面：TA12个，CNT1个，总原子数：160+69*12=988，gro文件里的CNT少了20 ...

好的，谢谢了

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