ms的pdb转化为gro文件，gromacs一直识别不了我的pdb文件

zlyw

大神们好，我想咨询一个问题我的ms转gro文件，gromacs一直识别不了我的pdb文件（如下），包括mol识别不了，然后分子中间分子序号都一样，都是2，是什么问题呢？谢谢大神
模拟的都是一些简单的小分子，只有水和甲烷
ATOM 1 C1 MOL 2 -27.781 -76.336 21.433 1.00 0.00 C
ATOM 2 C2 MOL 2 -28.629 -75.884 22.604 1.00 0.00 C
ATOM 3 C3 MOL 2 -28.613 -76.866 23.743 1.00 0.00 C
ATOM 4 C4 MOL 2 -29.434 -78.117 23.459 1.00 0.00 C
ATOM 5 H5 MOL 2 -27.623 -75.555 20.661 1.00 0.00 H
ATOM 6 H6 MOL 2 -28.060 -77.299 20.988 1.00 0.00 H

student0618

Topology是如何预备的？所谓无法识别是指跑什么命令，给了什么报错？

zlyw

student0618 发表于 2025-4-8 20:45
Topology是如何预备的？所谓无法识别是指跑什么命令，给了什么报错？

像 pdb2gmx、editconf 、vmd我都进行了尝试，生成的gro文件用gromacs识别不出来，
2SOL    OW1     1   3.034   3.777   0.463
    2SOL    HW2     2   2.974   3.704   0.452
    2SOL    HW3     3   3.080   3.775   0.378
    2SOL    OW4     4   2.219   9.834   0.111
    2SOL    HW5     5   2.199   9.925   0.126
    2SOL    HW6     6   2.309   9.847   0.148
    2SOL    OW7     7  -1.935   0.922  -0.136
    2SOL    HW8     8  -1.974   0.874  -0.060
    2SOL    HW9     9  -1.844   0.886  -0.132
    2SOL    OW10   10   4.248  -1.137   2.885
    2SOL    HW11   11   4.338  -1.175   2.898
    2SOL    HW12   12   4.208  -1.225   2.859
    2SOL    OW13   13   4.151   4.868   1.464
    2SOL    HW14   14   4.196   4.840   1.379
    2SOL    HW15   15   4.164   4.963   1.454
    2SOL    OW16   16   5.551  -0.933   3.441
    2SOL    HW17   17   5.473  -0.992   3.430
    2SOL    HW18   18   5.504  -0.848   3.424

student0618

力场中没有的残基要补文件的，例如用sobtop 生成GAFF力场的小分子文件，水用力场目录中的其中一个water model或者找论坛上的opc/opc3。

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “ms的pdb转化为gro文件” 改了，以后务必注意！

sobereva

zlyw 发表于 2025-4-8 20:58
像 pdb2gmx、editconf 、vmd我都进行了尝试，生成的gro文件用gromacs识别不出来，
2SOL    OW1     1    ...

缺乏gromacs使用的最基本常识

看下文
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）
以及http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

搞清楚pdb2gmx产生拓扑文件的基本机制，以及rtp文件是什么。pdb2gmx没法当黑箱用。

editconf 、vmd跟产生拓扑文件毫无直接关系。

PS：如果你对GROMACS真是完全缺乏基础，非常建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）一次性正经学明白了再用，免得遇到像这种很初级问题也不知道怎么解决，在乱试上白浪费时间。