求助：如何对纳米颗粒和蛋白进行模拟

吹梦到西洲

各位老师你们好，最近在接触一个新的课题：由一种蛋白的某个口袋在由下图单元分子构成的纳米颗粒中会更容易打开使得蛋白活化（主要是表面上的Ca2+离子起作用）。实验观测的纳米颗粒粒径230nm，纳米颗粒表面的孔的孔径有30nm，蛋白估计有5~10nm。实验上的说法是蛋白可以嵌入到孔中进行活化。

问题1：是否可以将纳米颗粒当成平板，考虑蛋白在平板上的作用情况？（或者就考虑一个孔，考虑蛋白在孔内的作用情况？-类似于环糊精包裹小分子的效果？因为230nm的纳米颗粒对于我当前的计算资源来说太大了）
问题2：我应该使用什么力场呢？如果蛋白用AMBER系列，这种纳米颗粒是否可以用GAFF力场来描述？用UFF合适吗？对于这个体系OPLS是否合适？ 除了ligpargen外有无可生成大分子OPLS拓扑文件的方法？

谢谢各位老师回答。

sobereva

别打那么多错字

1 可以

2 说清楚是什么纳米颗粒。如果你的截图是纳米颗粒的一部分，用UFF描述，sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件

吹梦到西洲

sobereva 发表于 2025-4-8 06:19
别打那么多错字

1 可以

谢谢社长，
咋打错了这么多字 实在是羞愧，现在已经修改。
我的截图就是纳米颗粒的一部分 那我后续用UFF来描述。谢谢！