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[GROMACS] 求助:Gromacs高温模拟中定量对比胶束稳定性的方法

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大家好,

我想通过Gromacs高温模拟定量研究不同组成的多种胶束在溶液中的稳定性。目前想到分析方法有这些可能,不知道是否合理,请大家指正:

1. 观察模拟轨迹,胶束在指定温度和模拟时间内是否破裂。(这样只能定性)

2. 用一个较高温度模拟,使胶束破裂。从轨迹中观察轨迹中胶束多久破裂,不过使结果具有区分度有点难。

   对于这一点,不知道能否通过高温下的破裂时间估算破裂能垒,然后根据速率常数反推室温下的破裂速率与所需时间 (参考社长博文《谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生》http://sobereva.com/506

3. 用不是特别高的温度模拟防止胶束破裂,研究其亲水/亲油基团SASA变化。
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发表于 Post on 2025-3-27 21:23:00 | 只看该作者 Only view this author
可以
还可以考察在外力扰动下的动力学行为
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-28 11:28:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-27 21:23
可以
还可以考察在外力扰动下的动力学行为

谢谢sob老师!我想请问一下外力扰动在gromacs里大概是怎么实现呢?是不是指用pull code对胶束进行拉伸/压缩/剪切来观察使其破裂需要消耗的做功呀
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发表于 Post on 2025-3-28 11:34:50 | 只看该作者 Only view this author
你好,请问你的胶束是表面活性剂组装成的吗,用的是什么力场了

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发表于 Post on 2025-3-28 12:01:54 | 只看该作者 Only view this author
含光君 发表于 2025-3-28 11:28
谢谢sob老师!我想请问一下外力扰动在gromacs里大概是怎么实现呢?是不是指用pull code对胶束进行拉伸/压 ...

可以pull直接作用于胶束,也可以靠pull驱动外部纳米颗粒撞击胶束
也可以deform盒子做快速的剪切
也可以用周期扰动法算粘度那样的cos-acceleration
等等
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-28 12:35:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-28 12:01
可以pull直接作用于胶束,也可以靠pull驱动外部纳米颗粒撞击胶束
也可以deform盒子做快速的剪切
也可以 ...

奥奥明白啦,谢谢sob老师的建议~
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-28 13:02:15 | 只看该作者 Only view this author
古与春分 发表于 2025-3-28 11:34
你好,请问你的胶束是表面活性剂组装成的吗,用的是什么力场了

是的,用的OPLS-AA-2005
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发表于 Post on 2025-3-28 15:01:42 | 只看该作者 Only view this author
含光君 发表于 2025-3-28 13:02
是的,用的OPLS-AA-2005

胶束是球形还是蠕虫状胶束了。我最近也在模拟表面活性剂自组转成蠕虫状胶束,但是一直都跑不出,跑出来都是球形的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-28 15:44:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 含光君 于 2025-3-28 15:46 编辑
古与春分 发表于 2025-3-28 15:01
胶束是球形还是蠕虫状胶束了。我最近也在模拟表面活性剂自组转成蠕虫状胶束,但是一直都跑不出,跑出来都 ...

蠕虫状胶束需要聚集数比较大才会出现,我这里用SDS建模的话若Nagg<150基本都是球形。

自组装的话,若体系中表活浓度不高,先出现小的球形胶束是完全合理的,如果你一定要模拟蠕虫状胶束,建议直接自己建一个大胶束然后跑平衡
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发表于 Post on 2025-3-28 16:00:21 | 只看该作者 Only view this author
含光君 发表于 2025-3-28 15:44
蠕虫状胶束需要聚集数比较大才会出现,我这里用SDS建模的话若Nagg

好的好的,我当前表活剂数量68个,我试试建大一点

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