求助，小分子与抗体共价对接，如何对该共价复合物使用Gromacs进行分子动力学模拟

Mary_p

小分子上的碳与抗体上半胱氨酸中的硫，通过迈克尔加成反应形成硫醚键，想对该复合物进行分子动力学模拟。参考非共价对接的思路，目前的思路是：用pymol将复合物的pdb分离为小分子和抗体，将小分子使用AnteChamber生成小分子参数，抗体使用gmx生成拓扑，在蛋白拓扑中include小分子的itp，是否可以通过手动添加共价键的bond信息进行修改top。想请教大家思路是否可行？还有其它什么具体的操作思路吗？希望得到大家帮助。

tptp

都形成共价键了就是一个分子了，不需要把两个分子分开，把小分子当成非标准氨基酸做

Mary_p

tptp 发表于 2025-3-24 16:19
都形成共价键了就是一个分子了，不需要把两个分子分开，把小分子当成非标准氨基酸做

之前没有做过非标准残基，对它的操作一点也不熟悉，可以详细的说一下步骤吗？或者有教学视频推荐吗？非常感谢！我的复合物pdb如下，60号SG原子与1015号C23共价偶联：
ATOM      1  N   MET A   1       5.887  -3.158 -26.113  1.00  0.00           N1+
ATOM      2  CA  MET A   1       7.086  -2.737 -25.364  1.00  0.00           C  
ATOM      3  C   MET A   1       7.368  -1.301 -25.762  1.00  0.00           C  
...
ATOM     55  N   CYS A   8      14.292  13.822 -20.634  1.00  0.00           N  
ATOM     56  CA  CYS A   8      14.195  15.266 -20.868  1.00  0.00           C  
ATOM     57  C   CYS A   8      14.958  16.076 -19.812  1.00  0.00           C  
ATOM     58  O   CYS A   8      14.552  16.117 -18.659  1.00  0.00           O  
ATOM     59  CB  CYS A   8      12.736  15.697 -20.983  1.00  0.00           C  
ATOM     60  SG  CYS A   8      12.123  17.446 -20.471  1.00  0.00           S  
...
HETATM  986  C   UNK     1      14.520   9.863 -16.403  1.00  0.00           C  
HETATM  987  C1  UNK     1      13.939  11.018 -15.844  1.00  0.00           C  
...
HETATM 1015  C23 UNK     1      11.342  18.136 -18.896  1.00  0.00           C  
HETATM 1016  C24 UNK     1      12.094  18.733 -17.723  1.00  0.00           C  
HETATM 1017  C25 UNK     1      11.703  17.865 -16.527  1.00  0.00           C  
HETATM 1018  O2  UNK     1      12.285  17.885 -15.445  1.00  0.00           O  
HETATM 1019  O3  UNK     1       9.783  16.403 -18.948  1.00  0.00           O

sobereva

http://sobereva.com/soft/Sobtop里面搜非标准残基

都到了小众向专业领域了，不要默认会有什么教学视频。倘若没视频就没法学，就别做研究了