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[CP2K] cp2k aimd.inp计算问题,报错mm_xpmem.c:135 UCX ERROR

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在集群上通过slurm调度系统运行了cp2k2022计算aimd.inp文件,系统是centos7.9版本,intelcpu,一个节点大概520G内存,跑了一个小时会出现以下报错,mm_xpmem.c:135  UCX  ERROR   failed to attach xpmem apid 0x340000184c offset 0x169a3000 length 16384: Cannot allocate memory,目前实在是找不到原因所在,问问吧友,有遇见这种情况吗,下面是我的aimd.inp文件,提交作业的输入文件:cp2k-2022.sh,输出日志:out.log,输出日志有点过大,上传不了,只能截个图




aimd.inp

4.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

cp2k-2022.sh

603 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 12

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发表于 Post on 2025-3-19 10:46:21 | 只看该作者 Only view this author
附上你的den1.2.xyz

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发表于 Post on 2025-3-19 11:39:22 | 只看该作者 Only view this author
你申请48核mpi跑64进程?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-19 12:31:25 | 只看该作者 Only view this author
den1.2.xyz (10.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-19 12:31:53 | 只看该作者 Only view this author
Santz 发表于 2025-3-19 10:46
附上你的den1.2.xyz

您好,我已附上该文件,能帮我看看吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-19 12:33:17 | 只看该作者 Only view this author
highlight 发表于 2025-3-19 11:39
你申请48核mpi跑64进程?

疏忽了,我已重新运行了,还是会出现以上报错

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发表于 Post on 2025-3-19 13:45:28 | 只看该作者 Only view this author
这是论坛,不是(很low的)贴吧,不要用“吧友”称呼

置顶的社员必读贴明确说了,过大的文本文件压缩后再上传,还超标传网盘。没output.log没法判断。贴当前截图里这些根本不是CP2K自己输出的信息没意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-19 14:13:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-19 13:45
这是论坛,不是(很low的)贴吧,不要用“吧友”称呼

置顶的社员必读贴明确说了,过大的文本文件压缩后 ...

谢谢社长提醒,百度链接已附上    通过网盘分享的文件:cp2k
链接: https://pan.baidu.com/s/10eMU77RXWuT1RlCUDMx3yw?pwd=usi8 提取码: usi8
--来自百度网盘超级会员v3的分享

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发表于 Post on 2025-3-19 14:38:30 | 只看该作者 Only view this author
输出信息没有问题。大概率是内存泄漏(编译问题,或者软件环境问题如活动的MPI库和编译时用的不一致),导致最后内存不够
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发表于 Post on 2025-3-19 17:05:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Santz 于 2025-3-19 20:31 编辑
生煎小馒头 发表于 2025-3-19 12:31
您好,我已附上该文件,能帮我看看吗

编译问题,我用 2022.2 跑了几个小时,正常完成计算。 aimd.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 09:58:34 | 只看该作者 Only view this author
Santz 发表于 2025-3-19 17:05
编译问题,我用 2022.2 跑了几个小时,正常完成计算。 aimd.out

谢谢您,我一会重新编译试试

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