获取lammps模拟单种原子沉积基底的结果

TerminSong · 发表于 Post on 2025-3-10 18:07:38

我感觉这可能是个比较常用的功能？

所以来和大佬们混个眼熟

用法：
可执行文件 lammps输出的dump文件 <截断距离> <元素标记>
其中，后两项为可选参数。

程序会找到dump文件最后一帧的结果，然后以<截断距离>判断原子之间是否连接，并找到最大的..额...一团原子并将它作为你想要得到的基底，
然后将其转化为两个PDB格式文件，将全部原子种类命名为 "<元素标记>1" 的格式，两个PDB文件的Z轴互为反转，方便你想创建两个粗糙基底挤压什么玩意...好吧这其实是我的需求

如果可选参数没有写入，程序会在运行时阻塞并要求你输入这两个值，之所以这么设计是为了方便windows用户操作，这样一来大家就不需要打开cmd或者powershell了，只需要将dump拖到程序图标上即可。

顺便，代码本身其实支持多种原子的基底，但是我想不好怎么交互就没做UI，参考main.cpp line:162 , 有需要的朋友可以自行修改。

GetReverseZSlab_src.zip (20.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

GetReverseZSlab.exe (93 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

GetReverseZSlab_Linux (132.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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[程序/脚本开发] 获取lammps模拟单种原子沉积基底的结果

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