求助关于径向分布函数rdf的理解

科研小白0126 · 发表于 Post on 2025-3-7 13:16:21

各位老师好，想请教关于rdf的理解，假如我用gromacs做了一个体系里包含A分子50个，B分子50个，我在index索引里面将A整体和B整体各做一组，当我用gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 1000 -e 2000指令时，选择A整体作为参考组，B整体作为计算组，那这是指整体A周围B的分布，还是单个A周围B的分布？望各位老师能给予指导，万分感谢。

chenzhe · 发表于 Post on 2025-3-7 13:48:24

单个A周围的B，然后对所有这样的A进行平均

科研小白0126 · 发表于 Post on 2025-3-7 14:35:35

chenzhe 发表于 2025-3-7 13:48
单个A周围的B，然后对所有这样的A进行平均

原来如此谢谢

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[GROMACS] 求助关于径向分布函数rdf的理解

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