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[GROMACS] 如何计算微乳液中液滴的粒径

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用gromacs进行和微乳液有关的分子动力学模拟,想用每一帧的粒径大小进行稳定性表征,但碍于体系中有多个液滴,请问有什么方法可以进行计算,下图是体系结构中液滴的示例

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2#
发表于 Post on 2025-3-3 11:42:41 | 只看该作者 Only view this author
一个想法或者可能算法过程:需要确定液滴边缘,将整个空间用格子分割,数格子内的原子数/密度,少于某个值且大于0,就可认为是边缘,标记为边缘格子。确定了液滴边缘 就很容易算出来粒径。(估计的时候 可以假设液滴都是球型)。另外开始时候可用大格子划分,确定疑似边缘格子 再划分为更小格子, 这样迭代更新加快,只要达到你需要的精度即可。

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发表于 Post on 2025-3-3 12:36:37 | 只看该作者 Only view this author
团簇算法,得到每个团簇,然后针对每个团簇算一个等效半径或者直接用分子数目表示,

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4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-3 15:15:03 | 只看该作者 Only view this author
akakcolin 发表于 2025-3-3 11:42
一个想法或者可能算法过程:需要确定液滴边缘,将整个空间用格子分割,数格子内的原子数/密度,少于某个值 ...

好的 谢谢 请问有脚本示例吗

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5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-3 15:15:32 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2025-3-3 12:36
团簇算法,得到每个团簇,然后针对每个团簇算一个等效半径或者直接用分子数目表示,

好的 谢谢 我去了解了解团簇算法

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发表于 Post on 2025-3-7 14:44:35 | 只看该作者 Only view this author
请问你这个乳液的液滴颗粒大概是多大的呀,直径是100nm可以做吗

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发表于 Post on 2025-3-7 16:53:37 | 只看该作者 Only view this author
看着像几十纳米及的,不像微米级的呀

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