在体系中添加离子报错，Top和pro文件中的原子数不一致

bling莹莹子 · 发表于 Post on 2025-2-25 13:10:23

运行gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 时报错，Top和pro文件中的原子数不一致，请问有人遇到过吗？不清楚哪一步出了问题。

ys_song · 发表于 Post on 2025-2-25 13:40:29

检查下topol.top文件，最后几行

mol · 发表于 Post on 2025-2-25 13:56:03

提示非常明显了，top文件中的原子数比实际的solv.gro文件中的原子数多，需要仔细检查下top文件中各类分子的数目与实际solv.gro文件中的分子数是否能对的上。

bling莹莹子 · 发表于 Post on 2025-2-25 14:00:30

ys_song 发表于 2025-2-25 13:40
检查下topol.top文件，最后几行

好的谢谢

bling莹莹子 · 发表于 Post on 2025-2-25 14:01:28

mol 发表于 2025-2-25 13:56
提示非常明显了，top文件中的原子数比实际的solv.gro文件中的原子数多，需要仔细检查下top文件中各类分子的 ...

好的谢谢

bling莹莹子 · 发表于 Post on 2025-2-25 14:06:45

我检查了下相差的原子数刚好是我的配体小分子的原子数，是不是需要将配体分子也要插入到pro文件中呢？

tptp · 发表于 Post on 2025-2-25 15:56:28

应该是gro文件中没有插入小分子导致的，把小分子信息复制到gro文件最下面，然后修改gro文件开头的原子数

bling莹莹子 · 发表于 Post on 2025-2-25 21:40:38

tptp 发表于 2025-2-25 15:56
应该是gro文件中没有插入小分子导致的，把小分子信息复制到gro文件最下面，然后修改gro文件开头的原子数

谢谢！是这样的

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 在体系中添加离子报错，Top和pro文件中的原子数不一致