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[GROMACS] 想跑surfactant的melt里的Li,F,Na,Cl四种离子的扩散,请教这些离子的参数

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楼主
各位老师,我最近想跑surfactant的melt里的Li,F,Na,Cl四种离子的扩散,但是找不到合适的力场参数,我想用amber03,我看gromacs里提供的是原子的而不是离子

  1. [ atomtypes ]
  2. ;type    mass        charge    ptype    sigma    epsilon
  3. Cl          17      35.45    0.0000  A   4.40104e-01  4.18400e-01
  4. Na          11      22.99    0.0000  A   3.32840e-01  1.15897e-02
  5. Li           3       6.94    0.0000  A   2.02590e-01  7.65672e-02
  6. F            9      19.00    0.0000  A   3.11815e-01  2.55224e-01
复制代码

我是不是直接把charge改成+1和-1就可以了呀,还有一个小问题,这种情况是把离子拆开,还是以离子对/盐的形式insert进去?

感谢各位老师!

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发表于 Post on 2025-2-21 06:29:30 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里手写【求助】这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-2-21 06:30:42 | 只看该作者 Only view this author
搞清楚力场目录下的ions.itp是什么,属于gromacs最基本常识
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-21 10:35:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-21 06:30
搞清楚力场目录下的ions.itp是什么,属于gromacs最基本常识

哦哦感谢sob老师,如果我想用Joung和Cheatham的离子参数的话,是不是需要自己把论文中的参数写到gromacs里呀,还是说有什么方便的方法可以直接从gmx里用?而且我看Joung和Cheatham的文章里都是r_min/2而不是sigma,这个是不是还得自己先换算一下再填进去

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发表于 Post on 2025-2-21 11:24:36 | 只看该作者 Only view this author
FrancisLi 发表于 2025-2-21 10:35
哦哦感谢sob老师,如果我想用Joung和Cheatham的离子参数的话,是不是需要自己把论文中的参数写到gromacs ...

自己写
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20里的相应部分

如果力场函数形式不同就必须转换
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-21 11:39:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-21 11:24
自己写
看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20里的相应部分

感谢sob老师!想问一下,用gmx里的amber03的参数和Joung和Cheatham的离子参数,对于我的没有水分子的melt系统是不是没有什么区别?或者说两种都可以用?我看Joung和Cheatham的离子参数主要是基于不同的水模型优化得到的

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