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[GROMACS] 求助分子动力学模拟混合溶液NVT过程的问题

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本帖最后由 yangjunfang 于 2025-2-20 10:41 编辑

各位老师好,

我使用GROMAS进行有机小分子,丙酮和水的混合溶液的模拟出现如图所示的错误,写的参数丢失,然后出现很多dd_dump_err_0_n3的PDB文件。但是我用有机小分子分别和丙酮,水模拟的时候是可以正常模拟的,感觉力场文件应该没有问题,其中丙酮采用的是GAFF力场,然后水分子是采用gromacs自带的SPC216.gro。请问各位老师是什么原因,该怎么解决啊。mdp文件和log文件也添加到了链接

屏幕截图 2025-02-20 094800.jpg (56.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

屏幕截图 2025-02-20 094800.jpg

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nvt.log

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发表于 Post on 2025-2-20 13:57:23 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2025-2-21 09:31:07 | 只看该作者 Only view this author
混合物,需要把力场整合

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