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[CP2K] 在用cp2k+plumed 计算去溶剂化能垒的时候有点问题

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本帖最后由 maoxinxina 于 2025-3-3 22:30 编辑

这里我想计算在LiF表面上有一个Li和四个电解液分子在一起,这里以上面的锂和溶剂分子的配位数作为CV进行采样。在得到结果后,用命令plumed sum_hills --histo PATHTOMYCOLVARORHILLSFILE  --sigma 0.05 --kt 2.49来处理得到的结果。我想的是在把Li往下拉的时候,要经过一个势垒再进入晶格,但是很奇怪的是一开始跑一下子就拽下来了。想请教一下这是怎么回事。





在之前的基础上跑了五万步,但是Li原子还是没有再次脱出来,想问下是怎么回事。

202502192053531113..png (18.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202502192053531113..png

202502192053299390..png (60.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202502192053299390..png

202503032229486437..png (14.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

新跑出来五万步的图

新跑出来五万步的图

meta.inp

15.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 14

cp2k metadynamics文件

plumed.inp

300 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 24

plumed 文件

轨迹.mp4

884.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 13

轨迹文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-19 11:22:18 | 只看该作者 Only view this author
C:\Users\amaoa\Desktop\配位.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-19 11:44:41 | 只看该作者 Only view this author
这个是有关配位数对应的fes.dat

配位.zip

317.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

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发表于 Post on 2025-2-19 13:39:18 | 只看该作者 Only view this author
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-2-19 13:39:45 | 只看该作者 Only view this author

认真看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-19 21:15:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-19 13:39
认真看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

不好意思哈,现在学会了。下次不会了。

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发表于 Post on 2025-2-19 22:36:59 | 只看该作者 Only view this author
5000fs总时长,只积累了10个高斯函数,还看不出什么啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-19 23:01:01 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2025-2-19 22:36
5000fs总时长,只积累了10个高斯函数,还看不出什么啊

还要继续跑吗,我看Li已经跑下来了,算是脱溶剂化完成么。

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发表于 Post on 2025-2-19 23:11:15 | 只看该作者 Only view this author
maoxinxina 发表于 2025-2-19 23:01
还要继续跑吗,我看Li已经跑下来了,算是脱溶剂化完成么。

你没上传轨迹说不准。但是元动力学算自由能,仅仅是发生了一次反应可不够,得让他不断地发生正逆反应,其实也就是充分采样。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-20 09:38:08 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2025-2-19 23:11
你没上传轨迹说不准。但是元动力学算自由能,仅仅是发生了一次反应可不够,得让他不断地发生正逆反应,其 ...

我上传到那个mp4文件了,能帮忙看下吗,谢谢了。

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发表于 Post on 2025-2-20 14:41:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ljh123 于 2025-2-20 14:50 编辑
maoxinxina 发表于 2025-2-20 09:38
我上传到那个mp4文件了,能帮忙看下吗,谢谢了。

如果你的CV找的没问题的话,大概率是轨迹跑太短了。你这个图看起来就是还没填充完。如果真的复合你的推测的话,后续自由能曲线在CV的两端是一个峰谷,CV中间有一个峰,其实你这个也有点雏形了。你也可以试着把PACE调小看看,比如50,让偏置势快点填满势能面

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发表于 Post on 2025-2-20 15:53:47 | 只看该作者 Only view this author
看轨迹 Li没有回去的意思呢,试试增加Gaussian hills,另外时长也不够哇,肯定还是要增加时长的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-20 16:13:47 | 只看该作者 Only view this author
1138711019 发表于 2025-2-20 15:53
看轨迹 Li没有回去的意思呢,试试增加Gaussian hills,另外时长也不够哇,肯定还是要增加时长的

嗯,谢谢。增加时长Li就有可能跑回去吗。

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发表于 Post on 2025-2-20 19:59:30 | 只看该作者 Only view this author
请问plumed.dat文件里的well,和meta值怎么设定啊 ?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-20 23:30:58 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2025-2-20 19:59
请问plumed.dat文件里的well,和meta值怎么设定啊 ?

这个我还不会。

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