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[GROMACS] 求助genmixmem建膜后利用slipids力场膜平衡APL过大的问题

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求助genmixmem建膜后利用slipids力场膜平衡APL过大的问题

我先是采用了”Optimization of Slipids Force Field Parameters Describing Headgroups of Phospholipids"这篇文献的参数跑了10 ns的Berendsen半各向异性控压npt(参数如第一个图),而后跑了100 ns的Parrinello-Rahman半各向异性控压md,其它参数还有一些微不同,但是膜的APL到68个埃了(POPE/POPG膜),因为之前看过一篇POPE/POPG膜的模拟(Phosphatidylethanolamine-Phosphatidylglycerol Bilayer as a Model of the Inner Bacterial Membrane),APL在62个埃左右,我和这篇文献用的POPE/POPG的比例也是一样的,感觉APL差的有点多。npt.mdp和md.mdp的参数如附件(rlist1.2和1.4都跑了,盒子x/y轴的尺寸就是跑md的前期不停的变大,第二个图是10 ns的md的box尺寸变化)所以现在有两个点不确定:1.是否要纠结于这个APL的问题,还是只要体系平衡了就好。2.如果确实存在问题,想请教各位老师如何优化



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发表于 Post on 2025-2-18 14:36:12 | 只看该作者 Only view this author
http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html上有各种磷脂膜的pdb文件,以其为初始结构结合当前用的参数去跑,观察情况、通过对比找原因。单一组分的膜都模拟成功了再说混合组分的膜的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-18 17:31:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-18 14:36
http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html上有各种磷脂膜的pdb文件,以其为初始结构结合当前用 ...

谢谢sob老师,我是直接用的slipids官网的pdb文件,然后利用avogadro软件拉直之后建的膜。听您的建议,我再跑个单一组分的膜对比一下看看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-21 21:45:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-18 14:36
http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html上有各种磷脂膜的pdb文件,以其为初始结构结合当前用 ...

sob老师好,之后我又去调参数跑纯膜对照,发现是POPG没有中和离子的问题导致的。现在的模拟不会出现APL一直增大这样的问题了,谢谢老师。不过还有一个地方想请教一下,像POPG这种不饱和磷脂在模拟的时候是否需要限制双键运动防止异构呢?

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发表于 Post on 2025-2-22 08:47:07 | 只看该作者 Only view this author
NEW12138 发表于 2025-2-21 21:45
sob老师好,之后我又去调参数跑纯膜对照,发现是POPG没有中和离子的问题导致的。现在的模拟不会出现APL一 ...

不用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-22 10:25:48 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师!

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