利用Charmm-gui生成了小分子力场的压缩包，哪些文件是gromacs模拟实际需要的

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-10-19 19:20:36

本帖最后由 Willow0114 于 2024-10-19 19:20 编辑

各位老师，我通过charmm-gui生成了一个小分子的力场文件包，想知道里面的哪些文件是gromacs模拟时实际需要的文件？(源文件超过上传上限，就放了所有的文件截图)

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-20 12:21:58

本帖最后由 student0618 于 2024-10-20 12:24 编辑

打开gromacs文件夹中的topol.top看看include了什么。
不过只生成CGenFF小分子力场而不是整个体系的话用CGenFF服务器更简单吧？
CHARMM-GUI对新手来说可black box生成输入文件，但真要做模拟应该要更了解拓朴，不应该当它black box使用。

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-10-20 13:53:39

开始说想用CGenFF，但是那个网址我登陆不了，没法用了

那年冬天风在吹 · 发表于 Post on 2025-2-23 16:20:15

charmmgui生成小分子力场是不是没有对应的gro文件生成？

student0618 · 发表于 Post on 2025-2-24 19:43:59

那年冬天风在吹发表于 2025-2-23 16:20
charmmgui生成小分子力场是不是没有对应的gro文件生成？

It gives a pdb, that can be converted into gro easily using e.g. gmx editconf

那年冬天风在吹 · 发表于 Post on 2025-2-25 16:13:07

student0618 发表于 2025-2-24 19:43
It gives a pdb, that can be converted into gro easily using e.g. gmx editconf

Thanks for your kind reply

CrysW555 · 发表于 Post on 2025-2-25 20:06:20

如果你用的是gromacs的话，gromacs那个文件夹就会包含你运行MD所需要的一切文件，为了确定，你最好检查topol文件引用的文件是否存在于当前目录下

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[GROMACS] 利用Charmm-gui生成了小分子力场的压缩包，哪些文件是gromacs模拟实际需要的

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