关于zeo++计算MOF孔径问题

MOF_ML

在学习孔道有关zeo++计算MOF的孔径问题时，发现通过ccdc下载的cif文件计算得出的孔径都很小；计算出两个MOF的pld和LCD都比较小，导致计算比表面积时，得出来的结果为0。请问各位老师是什么问题？
请问是cif文件的问题吗？因为我查了相关百度，两种MOF的孔径大小不至于这么小，谢谢各位老师的解答！

John_Tao

你可以上传你的cif。ccdc里下载的cif一般都有晶体学无序，需要你手动删除。

thor

给个结构看看

MOF_ML

各位老师好，这是我的cif文件

MOF_ML

John_Tao 发表于 2024-4-3 01:30
你可以上传你的cif。ccdc里下载的cif一般都有晶体学无序，需要你手动删除。

好的，谢谢您，文件已经上传了

MOF_ML

thor 发表于 2024-4-3 09:26
给个结构看看

好的，谢谢您，文件已经上传了

thor

MOF_ML 发表于 2024-4-3 12:31
好的，谢谢您，文件已经上传了

结构有问题，有游离的原子，并且骨架原子的原子占据率看起来不是1，给你好的结构。

MOF_ML

thor 发表于 2024-4-3 14:27
结构有问题，有游离的原子，并且骨架原子的原子占据率看起来不是1，给你好的结构。

好的，非常感谢您，请问类似于您这种的cif文件应该怎么下载呢？后续我可能需要其他的MOF的cif文件，感谢回复！

thor

MOF_ML 发表于 2024-4-3 15:00
好的，非常感谢您，请问类似于您这种的cif文件应该怎么下载呢？后续我可能需要其他的MOF的cif文件，感谢 ...

有一些精修过的结构，看看文献报道的。RASPA里面带有一些常见MOF的cif文件，CoRE-MOF、QMOF等数据库也有

John_Tao

CoRE MOF里面有cleaned cif，就是删除好晶体学无序的MOF。其他你CCDC里下载的，需要你自己手动删除。
Computation-Ready Experimental Metal-Organic Framework (CoRE MOF) 2019 Dataset
https://zenodo.org/record/3370144
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jced.9b00835

MOF_ML

John_Tao 发表于 2024-4-3 22:30
CoRE MOF里面有cleaned cif，就是删除好晶体学无序的MOF。其他你CCDC里下载的，需要你自己手动删除。
Comp ...

好的，谢谢您！

MOF_ML

thor 发表于 2024-4-3 15:32
有一些精修过的结构，看看文献报道的。RASPA里面带有一些常见MOF的cif文件，CoRE-MOF、QMOF等数据库也有

好的，谢谢您！

mof

请问计算的时候，zeo++中的network已经创建完成了，怎么把cif导入到network里面并使用代码进行计算呢

titi

thor 发表于 2024-4-3 14:27
结构有问题，有游离的原子，并且骨架原子的原子占据率看起来不是1，给你好的结构。

你好，请问这个好的结构是怎么修改得来的可以分享一下吗

titi

MOF_ML 发表于 2024-4-5 14:58
好的，谢谢您！

你好，请问这个问题现在已经解决了吗，可以分享一下解决办法嘛