求助评价粗粒化模型建立的是否合理的指标

acoustic

使用自己建立的粗粒化小分子得到的键长、键角分布，可以匹配上全原子模拟得到的键长、键角分布；但是想更多的验证粗粒化模型的合理性，还有其他可以测量的指标吗？


目前想到计算粗粒化前后的密度、粘度。密度可以匹配上，但是粘度匹配不上。其中，在计算CG溶质在水中的粘度时，为了减小水带来的误差，使用AA的水计算，但即使是这样还是匹配不上，CG溶质后的结果和纯水的结果差不多，可能有哪些原因？还是粗粒化前后匹配不上是合理的，如果是合理的，为什么呢？


计算密度、粘度时，我使用的是gmx energy，但找不到对应的理论公式，应该在哪找呢

zdworld

二面角分布，相转移自由能，溶剂可及面积，回转半径都能做参考，粘度就算了，全原子想计算的符合实验都难。而且CG溶于AA的水是什么操作？都不兼容。

acoustic

zdworld 发表于 2024-1-21 19:23
二面角分布，相转移自由能，溶剂可及面积，回转半径都能做参考，粘度就算了，全原子想计算的符合实验都难。 ...

好的 感谢感谢

那年冬天风在吹

请问你是用什么软件进行的粗粒化？