SN2和E2模型反应的势能面计算，怎么回复这样的专家意见？

fatpig · 发表于 Post on 2024-1-6 10:04:32

benbenll 发表于 2024-1-5 21:22
感谢回复，这个帖子之前我也有看，然后我也用B3LYP-D3(SMD)和M062x（SMD）计算了这个体系，但是计算结果 ...

B3LYP+D3的可信度明显高于单独的B3LYP，如果你的+D3的数据反而不如不加的...那可能说明你算的东西大概率不完整或者直接就是错的...

除非你能找到一些高if文献，他们也做了和你类似的体系，并且对这个体系而言，不加D3就是比+D3的结果要好，那么才有机会反驳评审意见...

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-6 22:20:00

wzkchem5 发表于 2024-1-5 23:10
这个简单。
第一，事实证明你算得动；
第二，CCSD(T)/CBS是gold standard，也就是对于单参考体系而言CC ...

我的一个过渡态加上2个溶剂分子后算上氢原子有29个原子（咱们平时说一个体系有多少个原子时，氢原子算不算在内哪），我看社长在一个帖子里说CCSD（T）/CBS也就能算二十多个原子，我这个CCSD(T)是不是就算不动了？我在一篇类/ECP/d似体系的计算里看到作者用CCSD(T)/pp/t计算来检验B3LYP/ECP/d 方法的准确性，他这个/pp/t和/ECP/d 是啥意思，也是基组吗，为啥要这样写。我太菜了，您说的第三点具体怎么实现哪，T1 diagnostic、largest T2 amplitude都要写在命令行里吗，怎么用T1 diagnostic的计算结果证明单参考态体系，largest T2 amplitude证明多参考性质弱。为啥要证明是单参考态体系，且HF reference足够适合才行，对这的内容一点也不了解，感谢指教

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-6 22:24:08

wzkchem5 发表于 2024-1-5 23:13
那是不是基组太小了？
基组太小会有BSSE影响，因为BSSE和色散校正同号，所以当BSSE比较大时，容易发现不 ...

用的6-311+G(d,p) 优化，6-311++G(2d,2p)做的单点，会有BSSE影响吗，怎么才能判断是不是有BSSE影响哪。

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-6 22:31:58

yflchx 发表于 2024-1-5 22:01
小体系 CCSD(T)/CBS，因为有RI，算起来轻松多了。

大一些DLPNO-CCSD(T)/CBS，上述的CBS一般用aug-cc-p ...

感谢回复，我太菜了！请问这个RI是什么哪？我要算单点能的话要加在CCSD（T）的命令行里吗？上述的CBS一般用aug-cc-pVXZ系列的外推，这个外推怎么个外推法，是有依据的单点能外推计算公式吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-6 22:34:18

benbenll 发表于 2024-1-6 15:20
我的一个过渡态加上2个溶剂分子后算上氢原子有29个原子（咱们平时说一个体系有多少个原子时，氢原子算不 ...

CCSD(T)/CBS算这么大体系比较困难，但DLPNO-CCSD(T)/CBS可以算得动。我用DLPNO-CCSD(T)/CBS（cc-pVTZ、cc-pVQZ外推）算过70多个原子的体系，毫无问题。
/pp/t、/ECP/d不是标准写法，应该贴出上下文才能唯一确定作者的意思
关于T1 diagnostic和largest T2 amplitude，看DOI: 10.1002/jcc.26996及其引用文献。不需要写任何命令，从输出文件读即可，具体怎么读靠自己理解输出文件的内容不难发现

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-6 22:36:42

benbenll 发表于 2024-1-6 15:24
用的6-311+G(d,p) 优化，6-311++G(2d,2p)做的单点，会有BSSE影响吗，怎么才能判断是不是有BSSE影响哪。

这个单点基组还是比较大的，BSSE应该不大。仔细阅读http://sobereva.com/46
排除了基组太小的因素，接下来考虑SIE大不大，按Chem. Rev. 2012, 112, 289–320自己判断SIE对你的体系的影响大不大，是否和色散校正同号

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-6 22:45:29

fatpig 发表于 2024-1-6 10:04
B3LYP+D3的可信度明显高于单独的B3LYP，如果你的+D3的数据反而不如不加的...那可能说明你算的东西大概率 ...

我今天查了一下类似体系的文献，文献里泛函方法还确实没有加D3，也没有文献对比说+D3的结果，如果+D3可信度明显高，为啥没人做对比哪。另外M062X这个泛函本身不就是考虑了色散作用的吗，还有必要像专家建议的那样再加一个D3计算吗

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-6 22:47:33

wzkchem5 发表于 2024-1-6 22:34
CCSD(T)/CBS算这么大体系比较困难，但DLPNO-CCSD(T)/CBS可以算得动。我用DLPNO-CCSD(T)/CBS（cc-pVTZ、cc ...

好的，感谢回复。我先找文献看看，要学的东西太多

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-6 22:48:45

wzkchem5 发表于 2024-1-6 22:36
这个单点基组还是比较大的，BSSE应该不大。仔细阅读http://sobereva.com/46
排除了基组太小的因素，接下 ...

好的，我先找文献学习，谢谢

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-6 22:54:38

benbenll 发表于 2024-1-6 22:47
好的，感谢回复。我先找文献看看，要学的东西太多

还有这个外推求算单点能是不是得手动求算，有计算公式吗

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-6 22:58:35

benbenll 发表于 2024-1-6 22:47

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-6 23:14:11

benbenll 发表于 2024-1-6 15:45
我今天查了一下类似体系的文献，文献里泛函方法还确实没有加D3，也没有文献对比说+D3的结果，如果+D3可信 ...

因为D3发明得晚（2010年才发表，而B3LYP是1994年就有了），有的组又固守传统，低年级学生抄高年级学生，高年级学生抄老师，所以即便在需要加D3的场合，有的组也是沿用2010年以前的传统理论级别，不加D3。但这不意味着不加D3比加D3好。
M06-2X考虑了中程色散，对远程色散的考虑不足，以石墨为例，M06-2X能考虑石墨相邻两层的色散，但不能考虑第一层和第三层之间的色散。所以M06-2X加D3仍然有一定好处，但好处比B3LYP加D3小（因为B3LYP即使对于中程色散也严重考虑不足或者说没有考虑）。
建议仔细阅读http://sobereva.com/210

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-6 23:17:55

benbenll 发表于 2024-1-6 15:54
还有这个外推求算单点能是不是得手动求算，有计算公式吗

参见http://sobereva.com/172，有的程序可以自动外推，有的要手动算
以后有问题先在sob老师的这个博客里搜，如果搜不到，再在咱们这个论坛上搜。如果两者都搜不到、不得不在论坛上问，要问用什么关键词才能搜到答案，而不是问答案本身

yflchx · 发表于 Post on 2024-1-7 11:03:26

benbenll 发表于 2024-1-6 22:31
感谢回复，我太菜了！请问这个RI是什么哪？我要算单点能的话要加在CCSD（T）的命令行里吗？上述的CBS一般 ...

仔细看看wzkchem5的回复，说的很清楚。可以尝试用ORCA算DLPNO-CCSD(T)/CBS，应该只是敲一行关键词的事。

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