反应分子动力学（ReaxFF）模拟分析软件RMD_Digging

Dous · 发表于 Post on 2024-8-28 15:29:33

想问问大佬，如果要计算一个溶液体系下的复杂反应，用Lammps+ReaxFF是否可行，目的是想根据计算模拟的结果推测可能的反应路径和产物。

Dous · 发表于 Post on 2024-8-28 15:34:27

本帖最后由 Dous 于 2024-8-28 15:37 编辑

我目前的想法是用reaxFF作为辅助，再根据可能机制计算简单反应的吉布斯自由能变和焓变

dadaoqiuzhi · 发表于 Post on 2024-9-2 14:28:26

有合适的反应力场，应该是可以的。也可以尝试量子分子动力学探索。还有一些反应势能面自动搜索的研究和工具，建议你可以看看。

pumpkin111 · 发表于 Post on 2024-9-11 14:40:08

本帖最后由 pumpkin111 于 2024-9-11 15:12 编辑

老师，请问用机器学习训练的力场，在LAMMPS上跑MD模拟得到的xyz轨迹文件可以用RMD Digging得到Species文件吗？

pumpkin111 · 发表于 Post on 2024-9-11 15:20:46

老师，请问用机器学习训练的力场，在LAMMPS上跑MD模拟得到的xyz轨迹文件可以用RMD Digging得到Species文件吗？

一只小耗子 · 发表于 Post on 2024-9-13 10:39:52

求问大佬：请问我做电化学，阳极溶解的反应过程，lammps+reaxff够嘛

pumpkin111 · 发表于 Post on 2024-9-19 15:33:16

老师，请问可否直接在lammps中调用RMD digging，通过解析lammps输出的键级信息或轨迹信息，输出当前时间步长所存在的所有分子式，并与要删除的小分子片段列表进行核对。如果分子式出现在列表中，该分子中所有原子从模拟中删除。

dadaoqiuzhi · 发表于 Post on 2024-9-24 20:18:37

pumpkin111 发表于 2024-9-19 15:33
老师，请问可否直接在lammps中调用RMD digging，通过解析lammps输出的键级信息或轨迹信息，输出当前时间步 ...

通过脚本结合in文件调用之，甚至可考虑把RMD_digging转换编译下，具体你得探索下。

dadaoqiuzhi · 发表于 Post on 2024-9-24 20:20:11

一只小耗子发表于 2024-9-13 10:39
求问大佬：请问我做电化学，阳极溶解的反应过程，lammps+reaxff够嘛

根据具体目标，量子化学，分子动力学或者更宏观的Comsol建模仿真

dadaoqiuzhi · 发表于 Post on 2024-9-24 20:38:20

pumpkin111 发表于 2024-9-11 15:20
老师，请问用机器学习训练的力场，在LAMMPS上跑MD模拟得到的xyz轨迹文件可以用RMD Digging得到Species文件 ...

直接没法处理，尝试xyz文件转换成lammps+Reaxff模拟用的data文件，run 0后分析产生的文件。

machenghu · 发表于 Post on 2025-4-7 13:48:48

请问RMD中的bond_analysis统计出来的数据很多都是[][]不显示，这正常吗

machenghu · 发表于 Post on 2025-4-7 13:57:43

machenghu 发表于 2025-4-7 13:48
请问RMD中的bond_analysis统计出来的数据很多都是[][]不显示，这正常吗

噢噢是我理解错了，没事啦不好意思

取什么名字 · 发表于 Post on 2025-4-17 16:58:48

本帖最后由取什么名字于 2025-4-17 17:19 编辑

老师您好，开始运行后会报错“函数或变量 'coord_position' 无法识别”，请问该如何解决呢
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已解决，是因为.lammpstrj文件中的输出坐标为相对坐标，修改后运行遇到新错误，但是第1个轨迹没报错，第2个轨迹报错“无法执行赋值，因为左侧的大小为 1×16，右侧的大小为 1×15。”

dadaoqiuzhi · 发表于 Post on 2025-4-21 20:58:21

取什么名字发表于 2025-4-17 16:58
老师您好，开始运行后会报错“函数或变量 'coord_position' 无法识别”，请问该如何解决呢
-------------- ...

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dadaoqiuzhi · 发表于 Post on 2025-4-22 22:01:18

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