关于pdb数据库中小蛋白分子的筛选

jackie · 发表于 Post on 2016-9-12 10:52:07

请问一下：最近我使用各流行力场来做小蛋白多肽分子的优化，自己写了一个程序是使用数值法来进行优化，这就限制了优化的体系，目前体系限定在100 atoms以下。所有我想从pdb库里搜索原子个数在100以下分子结构，几乎没有。但是能找到一些大蛋白体系中包含的链长在7个以下的，这就保证了原子数在100以下的小多肽结构。那么，我直接就取这其中一个小蛋白片段来做优化模拟是否可以？还是库中是包含很小的蛋白结构但是由于自己的搜索方式不得当没有搜索到？

PS. 除了pdb数据库，是否还有别的数据库可以搜索到小蛋白分子的数据库？？

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-12 13:47:49

你的目的是拿力场优化的结构去和晶体结构对照，考察力场的可靠性？

jackie · 发表于 Post on 2016-9-12 14:38:17

sobereva 发表于 2016-9-12 13:47
你的目的是拿力场优化的结构去和晶体结构对照，考察力场的可靠性？

yes，非常正确

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-12 19:26:01

但是大蛋白晶体里即便有小肽，还是会与临近蛋白发生相互作用，影响构象。小肽的结构又没那么稳固。单纯在真空下用力场优化的结构和这个比未必有可比性。

greatzdk · 发表于 Post on 2016-9-13 09:19:58

就用现有的程序优化吧？自己写创新点儿在哪呢？

李小左 · 发表于 Post on 2019-4-12 17:06:31

您好，“ 除了pdb数据库，是否还有别的数据库可以搜索到小蛋白分子的数据库？？“ 这个问题您解决了吗？

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