关于MMPBSA计算结果EEL这一项的值是0的疑问

jiacc199909

问题如下：
我的一些小分子经过高斯计算resp电荷后在amber跑了10ns的MD，在计算mmpbsa的时候我发现EEL这一项的值是0，并且所有的小分子都是这种情况，想请教各位老师这是正常的吗？可能的问题出在哪里呢。

计算参数和输出如下
|Input file for running PB and GB in serial
|&general
|   startframe=9001, endframe=10000, interval=100, keep_files=0,
|/
|&pb
|radiopt=1
|/--------------------------------------------------------------
|MMPBSA.py Version=14.0
|Calculations performed using 10.99 complex frames.
|Poisson Boltzmann calculations performed using internal PBSA solver in mmpbsa_py_energy
|
|All units are reported in kcal/mole.
-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------

POISSON BOLTZMANN:

Complex:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                  -1629.4755               11.1453              3.5245
EEL                     -13593.9232               59.1095             18.6921
EPB                      -2435.9486               39.2512             12.4123
ENPOLAR                   1686.9622                5.3680              1.6975
EDISPER                  -1002.5720                7.4134              2.3443

G gas                   -15223.3988               58.5102             18.5026
G solv                   -1751.5584               40.5636             12.8273

TOTAL                   -16974.9572               37.3289             11.8044


Receptor:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                  -1570.6047               10.9692              3.4688
EEL                     -13593.9232               59.1095             18.6921
EPB                      -2450.0201               38.8534             12.2865
ENPOLAR                   1680.3122                4.6436              1.4684
EDISPER                  -1012.4349                6.0459              1.9119

G gas                   -15164.5279               57.1406             18.0694
G solv                   -1782.1427               39.6629             12.5425

TOTAL                   -16946.6706               37.6362             11.9016


Ligand:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                     -4.1831                0.4487              0.1419
ENPOLAR                     33.6705                0.1500              0.0474
EDISPER                    -40.8582                0.1179              0.0373

G gas                       -4.1831                0.4487              0.1419
G solv                      -7.1877                0.1771              0.0560

TOTAL                      -11.3708                0.3981              0.1259


Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                    -54.6878                3.5270              1.1153
EEL                          0.0000                0.0000              0.0000
EPB                         14.0715                2.3421              0.7406
ENPOLAR                    -27.0205                1.0975              0.3471
EDISPER                     50.7210                1.9605              0.6200

DELTA G gas                -54.6878                3.5270              1.1153
DELTA G solv                37.7720                3.2352              1.0231

DELTA TOTAL                -16.9158                1.9834              0.6272


-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------

AndersonChiang

你好，我遇到了和你一样的问题，请问解决了吗？