[开源]ReaxTools反应动力学分析工具[1.9web网页版]

Graphite

ReaxTools 1.9版本
网页使用：http://cc-portal.xyz/reax_tools/
文档地址：https://github.com/tgraphite/reax_tools
下载地址：https://github.com/tgraphite/reax_tools/releases
如果对你有用，不妨在github上点个star，每一个star有可能都能帮助作者吃顿好的。有问题请直接加群或者我微信，每一个好工具都需要大量用户的支持和反馈，谢谢。

更新说明
1.9web 网页版上线
1.9 支持输出原子转移数、输出关键分子上下游信息子图、更好的屏幕输出
1.8 优化反应图的算法、显示、输出文件
1.7 (源码非release) 输出3-8元环统计、键数量统计
1.6.2 (源码非release) 修复了部分文件格式的bug，过于复杂的体系反应图智能设置输出上限（最频繁的那些），避免过于杂乱。
1.6.1 (源码非release) 输出不同类型键的数量随时间变化（如C-H = 1000，998...），为什么会有人关心这个，我也不知道，但客户要做，那好吧。
1.6 C++标准修改、静态编译以增强兼容性
1.6 识别非标准的lammpstrj
1.5 支持etxyz格式
1.5 可以用--dump参数将每帧输出到lammps data文件中，用ovito检查
1.5 修复CP2K的AIMD轨迹读取问题
1.5 修复了对于一些周期性体系在使用kd-tree搜索时节点跳跃错误、导致只能搜索体系1/2-1/8的重大bug

贡献名单
（论坛）@devilove @chenzhe @MISAKA19020 @svenhhhhh @wk123等多位坛友
（QQ群）JackCaptain 异丙醇铝 mch 十六 no more strawberry等多位群友
以上名单更新可能存在延迟和疏漏，感谢大家的汇报bug和提交需求，如有疏漏清联系我

自动输出结果展示
以下内容全部为结合附带绘图脚本和Graphviz自动输出，没有人工修改









旧版本下载次数统计区
1.0版本 200+
0.3版本 380+
0.3以前 200?

wildon

感谢，很有帮助

1030266769

谢谢大佬

dadaoqiuzhi

再推荐一个ReaxFF模拟前后处理和分析的工具箱RMD_Digging，纯matlab代码写的，希望对大家有帮助。C:\Users\DELL\Desktop\1.jpg
上链接：https://github.com/dadaoqiuzhi/RMD_Digging

DK1234

非常感谢！
请教：在使用方法上，将LAMMPS的species.out文件和 reax_species.py文件放在一个文件夹里，然后命令行输入python reax_species.py后，无法启动程序，问题出在什么地方？望指教！

Graphite

DK1234 发表于 2023-11-20 11:28
非常感谢！
请教：在使用方法上，将LAMMPS的species.out文件和 reax_species.py文件放在一个文件夹里，然 ...

是否正确安装了python、正确指定了程序名和输入文件名
尝试python ./reax_species.py species.out

DK1234

Graphite 发表于 2023-11-21 10:37
是否正确安装了python、正确指定了程序名和输入文件名
尝试python ./reax_species.py species.out

已成功运行，非常感谢！

被科研狠狠摩擦

老师，您好，如何安装和运行chemtrayzer呢？

allergicrosen

DK1234 发表于 2023-11-21 19:51
已成功运行，非常感谢！

File "/我的路径/./reax_species.py", line 331, in <module>
    main(sys.argv[1:])
  File "/我的路径/./reax_species.py", line 314, in main
    rs = reax_species(file, save, order)
                      ^^^^
UnboundLocalError: cannot access local variable 'file' where it is not associated with a value

你好，我按照这个方法提示这样报错了

leon682019

老师，您好，请问最新09版本的reax_tools应该如何运行 用g++运行报错没有-f指令

Graphite

leon682019 发表于 2024-6-12 18:26
老师，您好，请问最新09版本的reax_tools应该如何运行 用g++运行报错没有-f指令

这个已经编译好了，不用g++
直接reax_tools 选项... 就行了

leon682019

Graphite 发表于 2024-6-13 11:24
这个已经编译好了，不用g++
直接reax_tools 选项... 就行了

谢谢老师您的回答，但貌似还是不行，是因为我的g++或者gcc版本太低的原因吗？我g++和gcc版本都是9.4的C:\Users\zl333yz\Desktop\error.png

Graphite

leon682019 发表于 2024-6-13 13:45
谢谢老师您的回答，但貌似还是不行，是因为我的g++或者gcc版本太低的原因吗？我g++和gcc版本都是9.4的

老生常谈的路径指定问题...需要补补linux基础
./reax_tools 选项


至于g++版本问题，考虑到适配性，我已经把C++20的标准库依赖移除并手动实现，理论上应该C++14/17即可，也就是对应g++版本高于7.1既可。

leon682019

Graphite 发表于 2024-6-13 15:45
老生常谈的路径指定问题...需要补补linux基础
./reax_tools 选项

好的 谢谢老师 确实刚入门linux 还需要学习

Q1ngKl

请问reax_tools是不会输出文件的吗？我用species清洗命令没有发现有文件输出。
而且无法读取路径文件。