怎么生成蒙脱石的力场文件itp

萌新杨同学

Michael Holmboe,2019, Clays and Clay Minerals发表的Matlab包atom可以生成基于original Clayff (Cygan,2004)以及modified Clayff(Ferrage et al,2011,JPC-C)和Clayff-MOH（对粘土矿物边缘的羧基加键角项）（Pouvreau,2019,JPC）,如果你是用来描述无限大蒙脱石晶片，Cygan2004的原始版本Clayff就足矣
BTW:我认为你直接用MS手搓montmorillonite晶片也是不恰当的，你在考虑同晶置换时是否是随机的？是否符合avoidance rule即不能有两个同晶置换的金属离子相临近?正确的做法是先找到叶腊石pyrophyllite的pdb文件，然后超晶胞，然后在TOT的铝八面体层或硅四面体层去随机的同晶置换。

wuxiaofei

萌新杨同学 发表于 2023-5-16 20:18
Michael Holmboe,2019, Clays and Clay Minerals发表的Matlab包atom可以生成基于original Clayff (Cygan,20 ...

谢谢

wo335979123

slxc920113 发表于 2023-5-15 16:43
如下图所示

老师，我尝试您说的方法，生成了蒙脱石的itp及pdb文件用来做下一步计算，但是在能量最小化时出现Too many LINCS warnings报错，看报错信息是 生成的结构键长键角的问题，请问该怎样解决？麻烦老师了

slxc920113

wo335979123 发表于 2023-5-17 15:30
老师，我尝试您说的方法，生成了蒙脱石的itp及pdb文件用来做下一步计算，但是在能量最小化时出现Too many ...

把二面角的参数都删了试试，一般晶体不需要二面角，维持刚性就行了。

slxc920113

wo335979123 发表于 2023-5-17 15:30
老师，我尝试您说的方法，生成了蒙脱石的itp及pdb文件用来做下一步计算，但是在能量最小化时出现Too many ...

也可能是键角的原因，原来UFF力场因为在Lammps中生成的angle参数类型太多，聚合物可能会有几千种不同的angle，但是实际键角都在120度和109.5度附近波动，所以做了一些归一处理，比如118°近似到120°，我不知道这套逻辑在晶体环境下会带来问题，刚才已经放开这个限制了。

lyy043

slxc920113 发表于 2023-5-15 16:04
研究爆炸反应应该用反应力场，传统力场只能模拟物理性质。QEq电荷模型你用QMP参数就行。NAMD的格式和CHAR ...

老师，我在使用autoff时，最后一步生成文件时的，x y z该如何填写？

slxc920113

lyy043 发表于 2023-5-30 15:52
老师，我在使用autoff时，最后一步生成文件时的，x y z该如何填写？

扩胞，你自己想要扩多大就扩大

lyy043

slxc920113 发表于 2023-6-1 08:40
扩胞，你自己想要扩多大就扩大

明白了，非常感谢老师

mol

萌新杨同学 发表于 2023-5-16 20:18
Michael Holmboe,2019, Clays and Clay Minerals发表的Matlab包atom可以生成基于original Clayff (Cygan,20 ...

您好，请教下如果要模拟一个蒙脱石的颗粒，那表面的悬挂键应该怎么处理呢？补羟基吗？

萌新杨同学

mol 发表于 2023-9-26 22:02
您好，请教下如果要模拟一个蒙脱石的颗粒，那表面的悬挂键应该怎么处理呢？补羟基吗？

可以看Princeton的Ian Bourg教授的文章，他们提出了模拟晶片边缘的方法

mol

萌新杨同学 发表于 2023-11-9 16:16
可以看Princeton的Ian Bourg教授的文章，他们提出了模拟晶片边缘的方法

谢谢指点

阿di达思

slxc920113 发表于 2023-4-19 13:16
其实是支持的，可以用一个小技巧来实现，就是MOF/COF那个模块都是一代力场，里面也有ClayFF，同时也支持G ...

感谢

ZZH0711

slxc920113 发表于 2023-4-19 17:35
cif文件发一下

该问题已解决

15939474177

钠基蒙脱石在sobtop里没办法生成top文件，图中给的信息是其中有些原子和离子没有办法识别，该怎么解决呢？

吆西西

请问生成了吗？可以借鉴一下吗