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[GROMACS] 求助:GROMACS模拟锂离子电池中金属和电解液的固液界面

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楼主
各位老师好,我想模拟锂离子电池中金属和电解液的固液界面,我通过MS得到锂金属的晶面结构,然后再得到电解液的盒子,最后通过packmol将两个盒子叠在一起。请问在进行最小化的时候是要将锂金属的位置进行固定吗?是以什么方式固定啊?

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发表于 Post on 2023-3-30 09:38:59 | 只看该作者 Only view this author
若无特殊原因,别增加不必要的人为因素,诸如固定
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-30 10:16:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-30 09:38
若无特殊原因,别增加不必要的人为因素,诸如固定

感谢老师回复,如果不固定锂金属层在模拟过程中锂原子会不会到处乱跑啊?

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发表于 Post on 2023-4-1 05:17:59 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-3-30 10:16
感谢老师回复,如果不固定锂金属层在模拟过程中锂原子会不会到处乱跑啊?

实际跑起来试试便知
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发表于 Post on 2024-2-12 17:44:27 | 只看该作者 Only view this author
您说的Packmol将两个盒子叠加到一起,具体是怎么叠加的呢?

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发表于 Post on 2024-4-17 21:25:40 | 只看该作者 Only view this author
我想问下你这个锂固定了吗,我要固定一个FE面,但是位置限制后NVT仍然跑散了一直不知道怎么解决

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-22 13:36:49 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-17 21:25
我想问下你这个锂固定了吗,我要固定一个FE面,但是位置限制后NVT仍然跑散了一直不知道怎么解决

直接冻结

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发表于 Post on 2024-4-22 20:05:27 | 只看该作者 Only view this author

冻结的话后面就跑不了NPT了吧,不是说冻结不能和npt连用嘛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-23 13:44:33 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-22 20:05
冻结的话后面就跑不了NPT了吧,不是说冻结不能和npt连用嘛

只能用NVT

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发表于 Post on 2025-4-7 17:01:21 | 只看该作者 Only view this author

你好,我想请教一下,我类似的体系冻结表面后,出现了电解液进入到电极侧表面的情况,这种该怎么解决呢?或者能分享一下输入文件吗,万分感谢。

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