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楼主 Author: 15whyhq
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[新手求助] ONIOM怎么对L层指定原子电荷

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发表于 Post on 2016-7-4 16:25:21 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-4 10:32
按照老师您的意思,我的体系那就是应该这样,用DFT优化单独的一分子的离子液体,然后计算它的原子电荷, ...


这正是分子力场的局限性。

若你非要算整个体系的原子电荷,问题更多
1 先得量化优化整体,计算量巨大,这样还用ONIOM有何意义?等于纯粹为了用ONIOM而用ONIOM。
2 你懂拟合静电势电荷的原理就知道,这类电荷对于被包埋的原子(离整个体系范德华表面远的原子)得到的电荷明显不准,质量远低于没被包埋的原子。
3 拟合静电势电荷对构型/构象依赖性很大,你对单一结构直接得到整体所有原子的电荷,若体系结构发生改变,那么原先那套电荷就不合理了,会对体系结构造成明显的偏向性,还不如索性忽略片段间电子转移,以让片段的电荷在不同构型/构象下可移植性更好。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-4 20:58:15 | 只看该作者 Only view this author
老师,可以帮忙解释下图2里面这一段话是什么意思吗?
这是高斯说明书里面介绍oniom里的S-值测试的内容,看不明白图2里面的话

图1.png (53.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

图1.png

图2.png (30.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

图2.png

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发表于 Post on 2016-7-5 03:50:09 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-4 20:58
老师,可以帮忙解释下图2里面这一段话是什么意思吗?
这是高斯说明书里面介绍oniom里的S-值测试的内容,看 ...



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 11:25:03 | 只看该作者 Only view this author
它这个low级别,是什么意思?是高层及低层都是用low级别的计算?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 11:43:47 | 只看该作者 Only view this author
Combining Quantum Mechanics Methods with Molecular Mechanics Methods in ONIOM
这篇文献里面提到的

这里的MM是什么情况?这个S值判断的标准与高斯说明书里的及其他文献里的计算都不一样,那该怎么办?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 11:46:37 | 只看该作者 Only view this author
为什么要指定原子电荷?可以帮我解释得清楚一些吗?

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发表于 Post on 2016-7-5 12:44:11 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-5 11:25
它这个low级别,是什么意思?是高层及低层都是用low级别的计算?


常识啊ONIOM(high:low)

一个回帖里能说完整的就不要分成几个回帖说

否则会降低帖子水准
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发表于 Post on 2016-7-5 12:45:56 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-5 11:46
为什么要指定原子电荷?可以帮我解释得清楚一些吗?


不指定原子电荷怎么用力场表现原子间静电相互作用?
多看点分子力场的知识,网上一搜一堆

MM=分子力学

不同文献里s-value净乱用,甭学他们。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 15:47:36 | 只看该作者 Only view this author
老师可以给我,你们的oniom课件看看吗?觉得你们哪些课件看起来会容易懂一些

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 15:57:57 | 只看该作者 Only view this author
The S-Value is defined as the difference in E between the Model and Real systems at a certain level of theory.
高斯说明书里面的这句话得意思是:在同一水平下的意思是高层和低层都在一个水平下计算的能量,那我就不明白了,我计算S-值得时候是,分别计算前期络合物,后期络合物,这两个络合物都是在oniom优化好的,有高层有低层,高层的方法是b3pw91/6-31g(d,p)  ,低层的方法是UFF,这样计算的S-值对吗?
这样计算我怎么感觉不是在同一水平下呢?因为有高层有低层,且它们的方法不一样。求详解!谢谢。

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发表于 Post on 2016-7-5 16:07:33 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-5 15:47
老师可以给我,你们的oniom课件看看吗?觉得你们哪些课件看起来会容易懂一些

不能
参加培训班的人才能看到
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 16:16:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-5 16:07
不能
参加培训班的人才能看到

那可以网上购买视频教程看吗?

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发表于 Post on 2016-7-5 16:18:17 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-5 16:16
那可以网上购买视频教程看吗?

不可以
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发表于 Post on 2016-7-5 16:20:24 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-7-5 15:57
The S-Value is defined as the difference in E between the Model and Real systems at a certain level  ...


用什么方法和计算什么区域完全是两码事
无论是高级别(DFT)还是低级别(力场),都可以算model、real区域
所以哪个级别都可以得到s-value,即某级别算的两个体系的能量差
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 16:49:35 | 只看该作者 Only view this author
如果要算低级别的S值,是不是把用oniom优化好的高层及低层里面的高层固定了,只算低层的S值?然后用这个公式比较,对吗?
还有高斯说明书里面只说Comparing the S-Values for the two systems will allow you to determine whether the ONIOM approach is viable for that series of compounds; if they differ significantly, then using ONIOM is not advisable.
△S值差别明显的话,ONIOM不合理
那△S值到底差别多少,ONIOM合理?

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