vasp计算bader电荷求助

lc00 · 发表于 Post on 2016-5-6 13:38:41

小弟，用medea-vasp算噻吩的bader电荷，也正常算好了。但是不知道怎么分析结果

。求大神指导一下。噻吩有孤对电子，但是噻吩的结构优化，和bader电荷计算，都没有在自旋极化下进行。这里原子序数只有1到9怎么区分到底是哪个原子呢。是不是用charge减去每个原子的价电荷数。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2016-5-12 20:26:57

有钱，买得起medea，我们都是用VESTA的苦逼，楼主这个问题可解决了？我也想知道。

lc00 · 发表于 Post on 2016-5-12 22:49:45

zyj19831206 发表于 2016-5-12 20:26
有钱，买得起medea，我们都是用VESTA的苦逼，楼主这个问题可解决了？我也想知道。

就算有软件，不会弄啊。还没有学会！

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-14 18:57:44

算分子体系用VASP是很不理想的，本身bader这个程序算出的结果也并不很精确，明显不如Gaussian结合Multiwfn或AIMALL来算AIM电荷（也叫bader电荷）

有孤对电子跟自旋极化完全是两回事，此体系不用管这个。

原子编号和你输入文件里的一致。charge就是按照AIM划分原子带的电子数，用原子核电荷减去它就是AIM电荷。

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-5-16 11:29:26

sobereva 发表于 2016-5-14 18:57
算分子体系用VASP是很不理想的，本身bader这个程序算出的结果也并不很精确，明显不如Gaussian结合Multiwfn ...

哦哦，最近是准备去看看Multiwfn。这里1-4是C原子，他们的原子电荷都是负的；5是硫原子，原子电荷为0.22；6-9是H原子，原子电荷是正的。这里的原子电荷和得失电子趋势是不是等价的概念呢。C是负的，得电子；S.H是正的，失去电子。这个vacuum charge0.0537是个什么概念呢~

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-16 16:06:00

liu_tiao 发表于 2016-5-16 11:29
哦哦，最近是准备去看看Multiwfn。这里1-4是C原子，他们的原子电荷都是负的；5是硫原子，原子电荷为0.22 ...

vaccum charge大抵是程序数值实现问题，导致有一部分格点没法归属所属的原子，也就相当于这一部分电子该归属于哪个电子这个程序无法做出正确判断。

原子电荷数值就是相对于原子在孤立状态，在形成分子后电荷变了多少。比如某个C如果是+0.2就说明形成分子后被其它原子吸走了0.2个电子。

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-5-16 17:28:01

本帖最后由 liu_tiao 于 2016-5-16 17:31 编辑

sobereva 发表于 2016-5-16 16:06
vaccum charge大抵是程序数值实现问题，导致有一部分格点没法归属所属的原子，也就相当于这一部分电子 ...

明白啦，谢谢sob老师啦。输出的结果现在会分析了，这个结果看懂了

C原子的价电子是4，这里多余4的就是，得到的电子，就是这里结果中的charge transfer这一栏中的数值，bader charge为负数。
S原子的价电子是6，这里是5.78，失去电子，bader charge为0.22。H原子的价电子是1，这里的都小于1，所以氢原子也失去电子，bader charge为正。
查看了sob老师的一篇文章，如果以σ成键，则原子电荷与电负性规则吻合。

电负性大小为H<C,C略小于S。这里C-H键，H都是失去电子，比较容易理解。C1，C2转移电子数很小，而C3，C4，S原子的却很大，不知道怎么解释，想再请教一下sob老师。这里可能和噻吩环，以及C=C双键这些有一定关系。（表中的原子序数和图中的原子序数不对应）

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-16 17:43:03

liu_tiao 发表于 2016-5-16 17:28
明白啦，谢谢sob老师啦。输出的结果现在会分析了，这个结果看懂了
C原子的价电子是4，这里多余4的 ...

计算原子电荷的方法有很多，结果不同，参见http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
其中我不推荐用AIM电荷

如果其它方法算出来的也是S带正电，就要从pi电子考虑了。电负性大小只是对应sigma电子谁容易拉。

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-5-16 17:46:05

sobereva 发表于 2016-5-16 17:43
计算原子电荷的方法有很多，结果不同，参见http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.sht ...

恩恩。sob老师的这篇文章我刚刚看完。我最近在用其他软件算算。暂时还只是会medea-vasp~

my_aman · 发表于 Post on 2019-6-23 09:09:10

liu_tiao 发表于 2016-5-16 11:29
哦哦，最近是准备去看看Multiwfn。这里1-4是C原子，他们的原子电荷都是负的；5是硫原子，原子电荷为0.22 ...

请问，你的原子电荷是怎么得到的呢？
是用bader算了电荷后，减去POTCAR的电子后的数值吗？

my_aman · 发表于 Post on 2019-6-23 09:14:26

sobereva 发表于 2016-5-16 17:43
计算原子电荷的方法有很多，结果不同，参见http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.sht ...

请问社长，我现在在实验上得到个晶体，但是价态不确定。
别人推荐说算一下bader电荷。是不是算出来的每个原子上的电荷减去POTCAR的价电子，就是它的价态呢？

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