计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1735|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] Beta-sheet结构对蛋白粘附作用机理分析求助

[复制链接 Copy URL]

8

帖子

0

威望

136

eV
积分
144

Level 2 能力者

   采用Charmm力场以组成beta-sheet疏水片段(YGYGGLYGGLYGGLGYG)作为控制变量分别进行蛋白与脂膜MD模拟(水环境)。分子运动轨迹显示含有组成Beta-sheet疏水片段与脂膜粘附比较强。模拟结果与我们实验结果相符,但鉴于本人知识匮乏,尚无法解释Beat-sheet对粘附作用的深层机理。想请教是否还有其他计算模拟方法深入分析器对粘附作用机理,谢谢!




1.png (567.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

有beta-sheet疏水片段-粘附力强

有beta-sheet疏水片段-粘附力强

2.png (415.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

无beta-sheet疏水片段-粘附力弱

无beta-sheet疏水片段-粘附力弱

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-9-12 19:22:29 | 只看该作者 Only view this author
从New Cartoon图上都看不出哪里有beta sheet
而且这两个结构差异很大,难以论证beta sheet(if any)的存在性对粘附就有什么直接的贡献
而且注意动力学的可重现性,这种问题至少重复跑5次动力学,如果确实能证明beta sheet的存在性对粘附有显著性影响,再去考虑怎么解释原理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

136

eV
积分
144

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-14 22:11:45 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢Sob老师的建议,我会重复模拟。我们已经从实验上证明beta-sheet对粘附有显著影响。利用alphafold2进行建模蛋白结构也是符合预期,一级序列含有beta-sheet的疏水片段的蛋白运动轨迹显示始终粘附在脂膜上,相反不含有beta-sheet的蛋白运动轨迹从开始的粘附快速远离脂膜。所以请教您给与指导,谢谢!

2

帖子

0

威望

149

eV
积分
151

Level 3 能力者

4#
发表于 Post on 2025-3-8 22:47:50 | 只看该作者 Only view this author
不知道楼主的研究发表了没,我的研究方向也是关于淀粉样与黏附,想拜读一下

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 07:56 , Processed in 0.176730 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list