VMD怎样显示蛋白和配体间氢键

zhouxianglzy · 发表于 Post on 2016-3-17 14:03:21

最近在使用VMD，但是VMD氢键模拟的功能不太清楚。蛋白和一个糖之间形成的氢键，怎么用VMD显示出来，各位前辈求教了，谢谢

greatzdk · 发表于 Post on 2016-3-17 14:37:01

本帖最后由 greatzdk 于 2016-3-17 14:39 编辑

这种显而易见的小问题，最好先google一下。（本站首页 google 搜索）
Now let's show hydrogen bonds:
1. In the Graphics Representations window, click Create Rep.

2. In the Selected Atoms text entry, delete the word all, type name N O, and hit the Enter key. (Hydrogen bonds are formed between N and O atoms.)

3. Select HBonds from Drawing Method.

4. Change the parameters to the following: Distance Cutoff: 4.0, Angle Cutoff: 40, Line Thickness: 10.

You should see several hydrogen bonds.
前提，保证你的结构含氢原子。如果仅是显示糖和蛋白之间的氢键，你可以将selected atoms 限定在部分残基和糖的N和O原子上。
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ial-html/node5.html

zhouxianglzy · 发表于 Post on 2016-3-17 21:46:48

greatzdk 发表于 2016-3-17 14:37
这种显而易见的小问题，最好先google一下。（本站首页 google 搜索）
Now let's show hydrogen bonds:
1 ...

非常感谢！我按照这个方法做一下。

zhouxianglzy · 发表于 Post on 2016-3-17 22:07:52

greatzdk 发表于 2016-3-17 14:37
这种显而易见的小问题，最好先google一下。（本站首页 google 搜索）
Now let's show hydrogen bonds:
1 ...

还有一个问题是怎么标出蛋白的二级结构氨基酸序列？谢谢，我在goole上面搜素了，总是显示无法找到页面。

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-17 23:51:32

zhouxianglzy 发表于 2016-3-17 22:07
还有一个问题是怎么标出蛋白的二级结构氨基酸序列？谢谢，我在goole上面搜素了，总是显示无法找到页面。

extensions-analysis-sequence viewer

zhouxianglzy · 发表于 Post on 2016-3-18 08:43:47

sobereva 发表于 2016-3-17 23:51
extensions-analysis-sequence viewer

我知道你说的，但是没有找到在哪里能在蛋白上标出氨基酸的名字的地方

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-18 17:30:02

zhouxianglzy 发表于 2016-3-18 08:43
我知道你说的，但是没有找到在哪里能在蛋白上标出氨基酸的名字的地方

自己写tcl脚本，效仿
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

清微 · 发表于 Post on 2017-7-20 22:26:48

老师您好，VMD自带的氢键分析插件Hydrogen Bonds，是不是只有psf文件才能统计氢键数目，xyz或pdb格式的轨迹可以实现么？如果是xyz轨迹，是否还需要对原子分组？

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-21 00:49:34

清微发表于 2017-7-20 22:26
老师您好，VMD自带的氢键分析插件Hydrogen Bonds，是不是只有psf文件才能统计氢键数目，xyz或pdb格式的轨迹 ...

不需要psf，只要读入的文件能提供坐标、元素信息就够了，pdb和xyz也是可以的

清微 · 发表于 Post on 2017-7-21 11:52:56

如果是xyz轨迹，Selection 1应该写什么呢？是否跟VMD的基本命令一致？我在Selection 1处写的是all(纯水溶液的轨迹)，报错：
list element in braces followed by ":" instead of space
list element in braces followed by ":" instead of space
while executing
"llength $title"
(procedure "calculate_labelsize" line 63)
invoked from within
"calculate_labelsize"
(procedure "plot_update" line 57)
invoked from within
"plot_update"
(procedure "::MultiPlot::Plot0::plothandle" line 5)
invoked from within
"$plothandle replot"
(procedure "::hbonds::hbonds" line 515)
invoked from within
"::hbonds::hbonds -gui 1 -dist $::hbonds::guiDist -ang $::hbonds::guiAng -writefile $::hbonds::guiWrite -outdir $::hbonds::guiOutdir -frames $::hbonds:..."
invoked from within
".hbonds.control.button invoke"
("uplevel" body line 1)
invoked from within
"uplevel #0 [list $w invoke]"
(procedure "tk::ButtonUp" line 24)
invoked from within
"tk::ButtonUp .hbonds.control.button"
(command bound to event)

不知道哪里出了问题？

清微 · 发表于 Post on 2017-7-21 20:46:09

sobereva 发表于 2017-7-21 00:49
不需要psf，只要读入的文件能提供坐标、元素信息就够了，pdb和xyz也是可以的

老师，在VMD的TK命令窗口输入set sel1 [atomselect top all]
hbonds -sel1 atomselect0 -dist 3.5 -ang 30
但是却没找到一个氢键，提示：Warning) multiplot: Data vector empty, ignoring plot! 我的体系是100个水分子，用的是xyz轨迹文件，请问一下，该怎么解决？

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-22 03:28:31

清微发表于 2017-7-21 20:46
老师，在VMD的TK命令窗口输入set sel1 [atomselect top all]
...

不用管那个提示，是个bug
按照页面的说明http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/hbonds/，用-writefile指定结果输出到哪（直接用插件的图形界面也可以设定）

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