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[GROMACS] 求助:在能量最小化时遇到Atomtype not found问题

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通过ATB生成小分子文件,下载了gromos54a7力场文件
在进行能量最小化gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr
出现错误Atomtype HS14 not found
查看力场文件atomtypes.atp中包含HS14
但在ffnonbonded.itp中HS14的参数为0,不知道问题是不是出在这,请各位老师帮我解答一下

202110291458139853..png (89.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

202110291458139853..png

202110291457094016..png (67.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

202110291457094016..png

ffnonbonded.itp

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atomtypes.atp

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发表于 Post on 2021-10-29 18:56:52 | 只看该作者 Only view this author
这是ATB开发者基于GROMOS力场自己扩展的原子类型,必须在top里include ATB网站上提供的扩展版GROMOS力场包
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-29 19:20:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wangdafeixh 于 2021-10-29 19:50 编辑
sobereva 发表于 2021-10-29 18:56
这是ATB开发者基于GROMOS力场自己扩展的原子类型,必须在top里include ATB网站上提供的扩展版GROMOS力场包

sob老师,我用的gromos54a7力场文件就是在ATB网站上保存的

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发表于 Post on 2024-2-22 19:19:30 | 只看该作者 Only view this author
wangdafeixh 发表于 2021-10-29 19:20
sob老师,我用的gromos54a7力场文件就是在ATB网站上保存的

您好,我也遇到了这个问题,想自己修改力场文件,请问您解决了吗

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发表于 Post on 2025-4-10 19:18:40 | 只看该作者 Only view this author
楼主问题解决了吗?

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