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[GROMACS] 求助—gromacs二面角势能函数9

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本帖最后由 Sasuke 于 2021-1-22 10:07 编辑

想用文献里给出的力场里的二面角势如下图1和图2,如果用gromacs是要用二面角势函数9的形式来写嘛?它在[ dihedraltypes ]里的具体形式,想问下是如下图3我写的这样嘛?
文献中torsion1 2 3分别为图1中的二面角2 3 5 1,3 5 1 2,5 1 2 3;



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图1文献中的二面角

图1文献中的二面角

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图2文献力场中二面角势

图2文献力场中二面角势

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图3我写的[ dihedraltypes ]

图3我写的[ dihedraltypes ]

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发表于 Post on 2021-1-22 12:15:01 | 只看该作者 Only view this author
写法不对。gmx里func 9表达式是这个,看手册


显然k只能是正值

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-10-1 22:56:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-22 12:15
写法不对。gmx里func 9表达式是这个,看手册

请问sober老师,二面角势函数func 1的表示式是什么?

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发表于 Post on 2022-10-2 04:53:12 | 只看该作者 Only view this author
大头攒毛 发表于 2022-10-1 22:56
请问sober老师,二面角势函数func 1的表示式是什么?

看手册便知

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发表于 Post on 2025-3-13 20:33:27 | 只看该作者 Only view this author
楼主这个问题有解决吗?因为我看参考文献确实有这种写法,k存在负值,对比sobtop中的函数形式与参考文献也是匹配的。我按照参考文献换算的值保留负号在后续仿真中也并没有报错。

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