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[GROMACS] 混合溶剂建模时分子数量和比例设置求助

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楼主
请教下各位老师,我想用Gromacs模拟在混合溶剂里的超分子组装,实验中氯仿和正己烷的比例是1:10,那么在建模时该怎么确定两者的比例呢?是按照实际体系中两者的体积比建模?还是按照分子数目的比建模?
谢谢各位老师啦~

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发表于 Post on 2020-11-17 01:51:48 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“混合溶剂建模时分子数量的设置”改了,以后务必注意

你先弄清楚实验的比例具体指什么,摩尔比、体积比还是质量比,相应地建模就完了。如果有摩尔比就直接在诸如packmol程序里设置相应数目比,如果是体积比就去查纯物质密度换算,如果是质量比就根据摩尔分子质量换算。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 09:00:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-17 01:51
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,仔细 ...

好的,谢谢老师!
实验中是体积比1:10,那么在模拟中我如果建一个总体积为11nm2的盒子,我应该在其中的10nm2放入一种溶剂分子,剩余的1nm2放入另一种溶剂分子,然后根据相应溶剂的密度计算出相应的分子数量,这样对吗?

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发表于 Post on 2020-11-18 02:35:23 | 只看该作者 Only view this author
liurongjuan 发表于 2020-11-17 09:00
好的,谢谢老师!
实验中是体积比1:10,那么在模拟中我如果建一个总体积为11nm2的盒子,我应该在其中的1 ...

我不晓得为什么你要把盒子划分也弄成体积比,如果你确实想让一开始两部分处于两相,那倒说得过去

如果没这个要求,你就考虑一个足够大的盒子,根据体积比算出数目比,并瞎猜一个差不多能填满盒子的数目,然后用packmol指定两类分子数目去填就行了。如果反复迭代填不进去,就减少总数;如果发现太稀疏,再加大总数
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发表于 Post on 2023-6-12 14:00:01 | 只看该作者 Only view this author
liurongjuan 发表于 2020-11-17 09:00
好的,谢谢老师!
实验中是体积比1:10,那么在模拟中我如果建一个总体积为11nm2的盒子,我应该在其中的1 ...

你好,我现在也需要做正己烷中的MD,想请问一下你的正己烷拓扑文件是怎么生成的呀?我用ATB递交正己烷就会显示无响应,谢谢!

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发表于 Post on 2025-4-12 17:12:01 | 只看该作者 Only view this author
youzi96 发表于 2023-6-12 14:00
你好,我现在也需要做正己烷中的MD,想请问一下你的正己烷拓扑文件是怎么生成的呀?我用ATB递交正己烷就 ...

同问插眼,我直接用CGenFF生成top,用charmm36力场,直接solvet命令把正己烷添加到盒子可以吗

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