分子链脱氢计算

didi_dudu · 发表于 Post on 2015-9-8 15:43:46

本帖最后由 didi_dudu 于 2015-9-8 15:44 编辑

目前在计算三个单元的PDMS分子链的脱氢能。因为是用QE第一性原理方法来计算的。在a=40Bohr的晶胞中进行的计算，我首先计算PDMS饱和状况下的能量Ei，然后计算了去掉一个H的能量Ee，然后对于H的能量，我采用的是在晶胞中计算的H2的能量的1/2来作为参考Eh，由此得到脱氢的能量为E=Ee+Eh-Ei。我想请问一下这种脱氢的计算方式对么？因为我的计算中发现先去掉左边那个H的能量为2.18个eV，老板说太大了。另外这种问题如果用从头算程序来计算的话？用什么软件比较合适呢？有没有免费的软件？
谢谢！！！！

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-9 04:08:50

如果是按照脱出来H2来算，计算公式倒没什么问题
根据Si-H和H-H键能近似估计一下，这个数值也算不上很大
不妨拿高斯算算，用M06-2X结合TZVP或更好点的def2-TZVP基组，结果会很可靠。免费的程序你可以用ORCA。

didi_dudu · 发表于 Post on 2015-9-10 16:14:27

sobereva 发表于 2015-9-9 04:08
如果是按照脱出来H2来算，计算公式倒没什么问题
根据Si-H和H-H键能近似估计一下，这个数值也算不上很大
...

Sob大神，老板说这种脱氢的能量对应的温度应该有上千K了，然而按理说这种分子链封端的H不是这么难脱去的。在实验中，可能也就一两百摄氏度就能脱氢了，这种疑问你有什么看法么？
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PS 祝节日快乐！

didi_dudu · 发表于 Post on 2015-9-18 13:31:49

sobereva 发表于 2015-9-9 04:08
如果是按照脱出来H2来算，计算公式倒没什么问题
根据Si-H和H-H键能近似估计一下，这个数值也算不上很大
...

sob大神，我在用gauss和def2-tzvp基组在ccsd级别算以上分子的时候算不动，应该是基组太大内存不够了，我想问一下如果用更小一点的基组，什么基组合适呢。另外如果我用def2-tzvp组合MP2来优化构型，能得到比较靠谱的优化构型么？

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-18 15:19:06

didi_dudu 发表于 2015-9-18 13:31
sob大神，我在用gauss和def2-tzvp基组在ccsd级别算以上分子的时候算不动，应该是基组太大内存不够了，我 ...

不是基组太大。CCSD最起码也得结合def2-TZVP基组才能发挥效果，要想降低计算量只能降低理论方法。
MP2并不比DFT结果好，比DFT计算量还大很多。
你就用M062X或者精度差点但比较常用的B3LYP结合def2-TZVP来算单点就行了（如果要精度好点，也可以用双杂化泛函，比如高斯里的B2PLYP）。优化的时候可以用小点的基组比如TZVP或6-311G**。

didi_dudu · 发表于 Post on 2015-9-21 09:51:55

sobereva 发表于 2015-9-18 15:19
不是基组太大。CCSD最起码也得结合def2-TZVP基组才能发挥效果，要想降低计算量只能降低理论方法。
MP2并 ...

SOB大神，再问一个问题，我用M06-2X优化的结构作为评价标准，来比较DFT和DFT-D利用GGA-paw在盒子下优化出来的结构。这种比较是否合理呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-21 15:15:43

didi_dudu 发表于 2015-9-21 09:51
SOB大神，再问一个问题，我用M06-2X优化的结构作为评价标准，来比较DFT和DFT-D利用GGA-paw在盒子下优化出 ...

你是指高斯做M062X在真空下的结构和QE算的某个泛函本身和加了DFT-D之后在PBC下优化的结构？
条件不完全一样，分两部分比更合适
1 M062X和其它某个泛函（你打算在QE里利用的泛函）都在高斯里在真空下计算，看看几何参数有多大区别，这体现泛函影响。
2 相同某个泛函，在高斯和QE下计算的结果，这体现和周期性计算有关的一些设定的影响。

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