求助：VASP能否预测有机小分子的晶体结构

haos314 · 发表于 Post on 2019-10-9 16:45:06

如题 1. 求问 VASP 可以用来预测有机小分子的晶体结构吗？如果可以精度和耗时方面如何？
2. 对于有机小分子的晶体结构预测有推荐的解决方案吗？
要求: 不需要达到发表文章的精度，仅在分子结构的设计阶段作为指导
有机小分子: 非氢原子数 < 25

wei · 发表于 Post on 2019-10-9 16:53:16

1.作为外挂程序可以 2.体系有点大，如果没啥柔性键可以试试

啃骨魔 · 发表于 Post on 2019-10-9 17:11:57

USPEX 算多晶型的，免费。

haos314 · 发表于 Post on 2019-10-9 17:35:54

wei 发表于 2019-10-9 16:53
1.作为外挂程序可以 2.体系有点大，如果没啥柔性键可以试试

作为外挂程序是其他程序 (比如说 UPEX, calypso) 来调用 VASP 进行计算吗？

haos314 · 发表于 Post on 2019-10-9 17:37:55

啃骨魔发表于 2019-10-9 17:11
USPEX 算多晶型的，免费。

请问老师有样例输入输出文件吗？或者其他参考资料？在此先谢过老师了

wei · 发表于 Post on 2019-10-9 19:56:56

USPEX和calypso对无机材料比较擅长，有机多晶型前者虽然可以做，但也只是刚性分子结果还可以

get-it · 发表于 Post on 2019-10-9 20:03:46

可以看看CSP blind test的方案

get-it · 发表于 Post on 2019-10-9 20:04:31

https://www.ccdc.cam.ac.uk/Community/initiatives/cspblindtests/

haos314 · 发表于 Post on 2019-10-9 22:06:13

wei 发表于 2019-10-9 19:56
USPEX和calypso对无机材料比较擅长，有机多晶型前者虽然可以做，但也只是刚性分子结果还可以

好的，多谢老师指点

haos314 · 发表于 Post on 2019-10-9 22:07:15

get-it 发表于 2019-10-9 20:04
https://www.ccdc.cam.ac.uk/Community/initiatives/cspblindtests/

这耗时...不敢想，不敢想

啃骨魔 · 发表于 Post on 2019-10-21 08:48:12

haos314 发表于 2019-10-9 17:37
请问老师有样例输入输出文件吗？或者其他参考资料？在此先谢过老师了

你好！没用过这个，不过他们网站上有中文教程

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2019-10-21 10:23:19

本帖最后由 yjmaxpayne 于 2019-10-21 10:30 编辑

考虑使用:高精度力场初筛-->带色散修正的半经验方法（例如DFTB或者XTB）进行第二轮筛选 --> 结合能靠前的候选结构使用VASP的vdWDF进行进一步筛选 --> 绘制packing density vs. cohesive energy确定packing密度较高且能量较低的选项。但是你刚开始的构型生成得需要想点儿办法。倒是M$的Polymorph可以作为初步结构猜想的起点。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VASP] 求助：VASP能否预测有机小分子的晶体结构

浏览过的版块