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[GROMACS] 如何利用原始数据计算密度,能量,等信息

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使用gromacs模拟可直接得到密度能量的信息,但现在想用原始数据计算得到,将二者进行对比,想请教一下如何计算密度

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发表于 Post on 2019-8-8 04:45:37 | 只看该作者 Only view this author
有了各种元素的原子数、原子质量,自然就知道盒子里所有原子的总质量,除以盒子体积就知道质量密度了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-8 08:59:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-8 04:45
有了各种元素的原子数、原子质量,自然就知道盒子里所有原子的总质量,除以盒子体积就知道质量密度了


如果想要计算每一个特定区域的密度,我如何得到该区域的原子数量和种类呢?

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发表于 Post on 2019-8-9 03:45:13 | 只看该作者 Only view this author
shanxitaiyuan 发表于 2019-8-8 08:59
如果想要计算每一个特定区域的密度,我如何得到该区域的原子数量和种类呢?

用VMD的atomselect选择语句选中特定几何区域,假设返回的对象是atomselect0,然后用measure sumweights atomselect0 weight mass直接就得到这部分的质量了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-9 09:08:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-9 03:45
用VMD的atomselect选择语句选中特定几何区域,假设返回的对象是atomselect0,然后用measure sumweights a ...

sob老师,我没用VMD命令操作过,atomselect  的命令有点没看明白,您可以举个具体例子吗?

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发表于 Post on 2019-8-10 08:23:28 | 只看该作者 Only view this author
shanxitaiyuan 发表于 2019-8-9 09:08
sob老师,我没用VMD命令操作过,atomselect  的命令有点没看明白,您可以举个具体例子吗?

比如atomselect top "x>5 and x<10"即选中5<x<10区域的所有原子,屏幕上出现的信息就是返回的对象名
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