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[GROMACS] 求助:无机盐类在GMX中生成top文件的合适方法?

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楼主
对于碱土金属盐类,通过x2top生产GROMOS力场的top文件,模拟时报错,想来应该是这种离子键不适合用x2top。是否应该用Ca2+和CO32-的itp?请问对于这类盐类在GMX中的模拟,GLAYFF是否有适用于GMX的力场文件?


InterfaceMD对碳酸盐也无能为力吧?
Raiteri似乎对于碱土金属碳酸盐的力场做了一些工作,比如J. Phys. Chem. C2010, 114, 13, 5997-6010和J. Phys. Chem. C2015, 119, 43, 24447-24458, 但直接形式是针对LAMMPS的。

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发表于 Post on 2019-7-28 16:20:53 | 只看该作者 Only view this author
这种纯粹的静电作用,就把Ca2+和碳酸根当做独立的moleculetype考虑就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-28 17:38:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tjuptz 于 2019-7-28 17:47 编辑
sobereva 发表于 2019-7-28 16:20
这种纯粹的静电作用,就把Ca2+和碳酸根当做独立的moleculetype考虑就完了

谢谢社长。我现在尝试用Ca2+和碳酸根的itp来构建top文件,但MS建的模中是8个CA/8个C/24个O这个顺序来的,而ATB获得的碳酸根itp中的顺序与之不一致,请问这种情况是把itp中的顺序调整一下是最简单的方法吗?如果不会写脚本感觉修改结构文件使之与itp一致难以实现。

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发表于 Post on 2019-7-29 07:50:13 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-7-28 17:38
谢谢社长。我现在尝试用Ca2+和碳酸根的itp来构建top文件,但MS建的模中是8个CA/8个C/24个O这个顺序来的, ...

这种情况改itp也不容易
可以考虑用x2top
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-29 20:14:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-29 07:50
这种情况改itp也不容易
可以考虑用x2top

尝试在MS中导出不同格式,但无法更改结构文件原子顺序。用x2top并调整mdp中的参数可以运行了

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