求助：MS2017对CaCO3切面前后不一致

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-25 17:52:18

本帖最后由 tjuptz 于 2020-2-3 15:39 编辑

本人4月份用MS2017对CaCO3的cif文件进行切面建模，获得的模型虽然键连有点问题，但经过处理或者将connect字段删除就可以获得Ca2+和CO32-数目相等且阴离子完好的模型，如第一、二张图所示。但5月份电脑重装系统后装MS2017时点了visualizer only，之后发现仅可视化模块安装的MS无法识别当时用的cif文件，于是卸载后重新进行了complete安装。安装好后可以打开原来的CaCO3的cif文件了，但进行切面建模后发现边缘的CO32-被切断了，如第三张图所示。两次建的模型含有的原子数相同，问题好像是重装后的MS2017的cleave rule失效了，没办法判断片段质心并保留片段。我又卸载重新安装complete版的还是这个问题。请问有遇到过这个问题并解决的吗？难道要重装系统再试？
图1.4月建的模

calcite (1 0 4).pdb (44.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) 图2.处理好的模型

图3.7月建的模

calcite (1 0 4)_7.pdb (37.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

hakuna · 发表于 Post on 2019-7-25 17:58:19

切面时平移一下就行了

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-25 18:12:46

hakuna 发表于 2019-7-25 17:58
切面时平移一下就行了

平移或可解决上下表面的问题，但左右边界好像还是不行吧？另外，请问您是否知道这是什么原因造成的呢

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-25 22:07:21

又发现有问题的pdb文件里的connect字段缺失……

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-26 10:41:53

已解决。通过MS自带的calcite.msi文件创建模型过程对比发现，使用的cif文件不自带连接关系，通过calculate bonds工具添加键连关系后再进行创建即可重复出之前的操作了。

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