对小分子配合物想通过XRD和NMR数据模拟单晶结构，什么软件容易上手？

18845562783 · 发表于 Post on 2019-7-24 11:10:57

合成了几例小分子配合物，但未能得到准确的单晶结构，现想通过粉末的XRD和相应的核磁H谱和C谱结合模拟软件来模拟出相对应的单晶结构，不知道使用什么软件比较容易上手！

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-7-24 11:22:55

本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-7-24 12:12 编辑

粉末TOPAS，免费的JANA。如果结构单元已知（例如MOF知道重复单元，小分子的分子晶体知道堆积单元、配合物知道配体（及其比较准确的构象））用FOX退火，这样对衍射分辨率的要求会大大降低。不知道“未能得到‘准确的’单晶结构”里单晶结构“不准确”是什么意思？

我好像理解错了，你是说用粉末衍射的数据和例如分子力场结合起来？利用力场的能量给晶体的精修加Penalty？

18845562783 · 发表于 Post on 2019-7-24 11:32:06

liyuanhe211 发表于 2019-7-24 11:22
~~粉末TOPAS，免费的JANA。如果结构单元已知（例如MOF知道重复单元，小分子的分子晶体知道堆积单元、配合 ...~~

~~我的意思是想模拟出准确的结构，通过最终结构的XRD和实验的XRD相匹配来证明模拟出的结构是准确的~~

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-7-24 12:12:24

18845562783 发表于 2019-7-24 11:32
我的意思是想模拟出准确的结构，通过最终结构的XRD和实验的XRD相匹配来证明模拟出的结构是准确的

要模拟晶体结构（包括堆积和平移周期性）还是只模拟晶体中的孤立单元的结构？

indec · 发表于 Post on 2019-7-24 13:39:49

MS 中有 Reflex Powder Refinement module，可以通过 PXRD 数据来模拟单晶，但是对 PXRD 数据的要求很高。还是建议你找专门做这个的博后/组合作会比较好。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-24 14:19:21

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“关于模拟分子结构的几个问题 ”改了，以后务必注意

18845562783 · 发表于 Post on 2019-7-24 14:47:01

sobereva 发表于 2019-7-24 14:19
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具 ...

下次一定注意

18845562783 · 发表于 Post on 2019-7-24 16:49:29

indec 发表于 2019-7-24 13:39
MS 中有 Reflex Powder Refinement module，可以通过 PXRD 数据来模拟单晶，但是对 PXRD 数据的要求很高。 ...

我想学习一下这部分的内容，不知道有没有相关的教程可供参考！

indec · 发表于 Post on 2019-7-24 22:54:13

18845562783 发表于 2019-7-24 16:49
我想学习一下这部分的内容，不知道有没有相关的教程可供参考！

没有。一般用 PXRD 学解单晶需要读一个 PhD 学位才行。。你可以看一下中大陈小明/张杰鹏组和北大孙俊良组

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